353 posts · 183,984 views
Blog de divulgación y actualidad científica especializado en las ciencias de la vida. Agrupación de Estudiantes de Biología de la Universidad Nacional Agraria La Molina, Lima, Perú.
David Castro
345 posts
Sort by: Latest Post, Most Popular
View by: Condensed, Full
by David Castro in BioUnalm
Hoy se publicó en Nature el primer borrador del genoma del orangután, quien pertenece al grupo de los grandes primates y que es el menos relacionado con el hombre, con un 97% de similaridad genética. Este primer borrador estuvo lleno de sorpresas, entre ellas que la variabilidad genética de las poblaciones de las especies de Borneo (Pongo pygmaeus) y de Sumatra (Pongo abelii) es más grande que la variabilidad genética encontrada en las poblaciones humanas. Además, el genoma del orangután ha evolucionado de manera más lenta con respecto a los otros primates. La cantidad de cambios genéticos encontrados en más de 12 millones de años de evolución han sido menores a la cantidad de cambios encontrados en el hombre o los chimpancés quienes tienen menos de 6 millones de años de haber evolucionado. Entonces vamos por partes. El orangután (orang-utan: ‘hombre de los bosques’) es el más grande de los primates con una vida arbórea, pasando más del 95% del tiempo trepado en ellos. Están divididos en dos especies: los que viven en Borneo (P. pygmaeus) y los que viven en Sumatra (P. abelii). Pero, debido a la deforestación y el deterioro de sus hábitats —por las excesivas plantaciones de la palma aceitera— sus poblaciones se han visto reducidas considerablemente. En el año 2004, se estimaron que habían entre 7,000 – 7,500 P. pygmaeus y entre 40,000 – 50,000 P. abelii; ambos considerados en como especies amenazadas por la Unión internacional para la Conservación de la Naturaleza. Conocerlos a nivel genético es de vital importancia para poder desarrollar nuevas estrategias de conservación y repoblación. Un consorcio internacional de científicos, liderados por el Dr. Devin P. Locke de la Universidad de Washington, secuenciaron el genoma completo de una orangután llamada “Susie” y otros 10 genomas de manera parcial: cinco de Borneo y cinco de Sumatra. Este primer borrador abarca el 98.5% del genoma (3.05Gb) y la cobertura del secuenciamiento fue de 5.5X (~18Gb de información). Al comparar el genoma del orangután con el de los otros primates observaron que la cantidad de re-arreglos genómicos era mucho menor al encontrado en los humanos o en los chimpancés. Esto quiere decir que las inversiones, translocaciones, deleciones, inserciones o duplicaciones de regiones de ADN han sido menos dinámicos. Un claro ejemplo es que sólo el 3.8% de su genoma está duplicado, mientras que en los humanos y chimpancés es mayor al 5%. Los investigadores también encontraron que la tasa de ganancia o pérdida de genes así como la tasa de mutaciones del orangután fue la mitad a la encontrada en humanos y chimpancés. Todo esto indica que los orangutanes han evolucionado muy lentamente. Además, hay otros factores que también contribuyeron a la estabilidad del genoma del orangután. Por ejemplo, la cantidad de copias de los elementos Alu —pequeñas regiones de ADN capaces de ‘saltar’ de un lugar a otro, modificando ciertos genes, inactivándolos o creando otros nuevos— que fueron encontrados en el genoma del orangután, fue mucho menor al encontrado en los chimpancés y en los humanos. Esta sería otra de las causas de por qué la estructura del genoma del orangután ha cambiado tan poco desde que divergieron hace unos 12 – 16 millones de años. Otra cosa extraña encontrada en el genoma del orangután es que las dos especies tienen un neocentrómero en el cromosoma #12, algo que no se encuentra en ningún otro primate. Si recordamos como es un cromosoma se nos vendrá automáticamente a la cabeza una ‘X’, el centrómero es donde se cruzan las dos líneas que forman la X, que puede estar ubicado en el centro o hacia un extremo. Por otro lado, los neocentrómeros son regiones cromosómicas diferentes a los centrómeros, tanto en estructura, secuencia y localización, sin embargo, pueden llegar a cumplir con su función y unirse a los microtúbulos durante la metafase para segregarse a cada uno de los polos en la división celular. Al comparar aproximadamente 14,000 genes encontrados tanto en orangutanes como en humanos, chimpancés, macacos y perros, observaron que dos categorías de genes estaban sujetos a la selección natural en los orangutanes. Estos correspondían a genes envueltos en la percepción visual y en el metabolismo de los glicolípidos. En humanos, errores en los genes que están involucrados en la síntesis de glicolípidos pueden generar ciertas enfermedades neurodegenerativas. Entonces, cambios en esta vía metabólica pudieron haber sido importantes en nuestra evolución neurológica, así como en la diversidad de dietas y estrategias reproductivas. Al analizar y comparar las secuencias de los genomas parciales de los 10 individuos tomados para el estudio (cinco de cada especie), los científicos encontraron un poco más de 13 millones de pequeñas mutaciones individuales (SNPs): 6.69 millones de SNPs dentro de los orangutanes de Borneo y 8.96 millones de SNPs en los orangutanes de Sumatra. En otras palabras, hay una mayor diversidad genética dentro de P. abelii. Esto puede ser lógico ya que su número poblacional es mayor. En base a estos datos, los científicos pudieron calcular hace cuanto divergieron los orangutanes de Sumatra y de Borneo asumiendo una tasa de mutación de 2x10-8 y un tiempo generacional de 20 años. También hallaron el número efectivo (número de individuos que pudieron dar origen a cada una de las especies). Los datos indican que las dos especies divergieron hace unos 400,000 años y que el número poblacional del ancestro común fue de 17,000 individuos. Es bueno tener una gran diversidad genética dentro de las poblaciones de cada una de las especies, porque esto permite que puedan soportar mejor las presiones evolutivas a las que están siendo sometidas debido a la degradación de sus hábitats naturales. Además, gracias a esta diversidad se pueden establecer estrategias de repoblación de estas especies si correr el riesgo de perder el vigor genético de los individuos. Sin embargo, los científicos no están seguros si esta diversidad genética se seguirá manteniendo si no se hace algo por mantener sus hábitats y evitar la fragmentación de sus poblaciones. A esto hay que sumar su estilo de vida arbóreo y sus tasas de reproducción lentas (8 años entre una cría y otra), convirtiéndolos en especies sumamente vulnerables. Referencia: ... Read more »
Locke, D., Hillier, L., Warren, W., Worley, K., Nazareth, L., Muzny, D., Yang, S., Wang, Z., Chinwalla, A., Minx, P.... (2011) Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes. Nature, 469(7331), 529-533. DOI: 10.1038/nature09687
by David Castro in BioUnalm
La malaria es uno de los más grandes problemas que aqueja a la salud pública mundial. Millones de personas en el mundo, principalmente en la zonas tropicales, son infectadas por este parásito cada año. El causante de esta enfermedad es un protozoario del género Plasmodium (principalmente P. falciparum) el cual es transmitido por la picadura de un mosquito. Cuando entra a nuestro torrente sanguíneo, en la etapa asexual de su ciclo de vida (merozoito), se adhiere e ingresa a los eritrocitos (glóbulos rojos) donde se divide y se disemina por todo el cuerpo, infectando a más eritrocitos y provocando los graves síntomas por los cuales se caracteriza la enfermedad.
Como la invasión del eritrocito es parte fundamental para desarrollo del ciclo de vida del parásito, las investigaciones hacia la búsqueda de nuevos agentes terapéuticos se están enfocando en este mecanismo. ¿Pero como se da? Gracias al uso de la microscopía electrónica, se han determinado las etapas de invasión del parásito en el eritrocito:
Como pueden ver, primero el merozoito se une a la superficie del eritrocito (1), luego se acomoda de tal manera que sus roptrias apunten hacia la membrana del eritrocito (2) y se forman las uniones oclusivas o "tight junctions" (3). Luego, la membrana celular del eritrocito se invagina, gracias a las enzimas liberadas por las roptrias, permitiendo el ingreso del parásito hacia una vacuola (4–9). Sin embargo, las imágenes capturadas con el microscopio electrónico sólo nos dan una visión superficial del proceso, pero no nos dicen nada acerca de las moléculas que podrían estar involucradas en el mismo.
Fue así que investigadores australianos liderados por el Dr. David T. Riglar usaron los ensayos de inmunofluorescencia e iluminación estructurada 3D para relacionar estos eventos estructurales con los eventos moleculares. De esta manera pudieron registrar y entender cómo el mecanismo de ingreso de P. falciparum a los glóbulos rojos a nivel molecular. El trabajo fue publicado ayer en la revista Cell Host & Microbe.
Lo que hicieron Reglar et al. fue marcar —con una molécula fluorescente verde— una proteína envuelta en la formación de las uniones oclusivas. Esta proteína fue predicha a partir de su homólogo en otro parásito que invade los eritrocitos, la Toxoplasma gondii, causante de la toxoplasmosis.
Como se puede ver en la imagen, la proteína PfRON4 de P. falciparum es la responsable de formar las uniones oclusivas, luego forma una especie de anillo gracias a las enzimas secretadas por las roptrias, y por ahí penetra el merozoito, que es visualizado de color azul, que es una molécula fluorescente que se une al ADN. Con estas imágenes hicieron una reconstrucción en 3D.
Pero, ¿cómo hace el parásito para reconocer al eritrocito? A nivel celular, todo reconocimiento se da bajo las proteínas específicas de superficie de membrana. Los eritrocitos poseen unas proteínas receptoras específicas que las diferencia de otro tipo celular. Entonces, P. falciparum debe tener una proteína capaz de reconocer los receptores de la superficie del eritrocito. Esta proteína es la PfAMA1 y se encuentran en los micronemos. Así que para que se de la infección, PfAMA1 y PfRON4 deben interactuar, una para reconocer y unirse a la superficie del eritrocito y el otro para crear las uniones oclusivas y abrir el anillo por donde entrará en parásito.
Así que, Reglar et al. esta vez marcaron a la PfAMA1 con una molécula fluorescente roja para ver como se relacionaba con PfRON4 (verde). Las imágenes de la microscopía fluorescente mostraron que PfAMA1 está ubicado directamente en el anillo de PfRON4, de esta manera se confirma que las dos proteínas forman un complejo que permite la invasión de merozoito al eritrocito. Para ser precisos, la PfAMA1 reconoce a las glicoporinas A, que son los receptores de superficie de los eritrocitos.
Como pueden ver, todo el proceso se da en menos de 10 minutos. Además, para determinar como se da este mecanismo de invasión paso a paso a nivel molecular, analizaron la función y la ubicación espacio-temporal de proteínas asociadas a las roptrias como la RAP1 y RESA.
Los investigadores también estudiaron que era lo que pasaba cuando usaban ciertos inhibidores. Por ejemplo, cuando usaban el péptido R1 se bloqueaba la formación del complejo PfRON4/PfAMA1, provocando que no se de las uniones oclusivas. Por otro lado, cuando usaban Citocalasina D, la cual se une a los filamentos de actina, se repimía su movilidad; o cuando usaban la molécula PMSF, la cual es una inhibidora de proteasa, el contenido de las roptrias eran liberadas de manera aberrante. Con todos estos datos, los investigadores propusieron el siguiente modelo:
[Click para agrandar]
El uso de estos inhibidores indica que el proceso de invasión es irreversible, una vez que el merozoito hace el primero contacto con el eritrocito. Esto sería una gran ventaja al momento de diseñar agentes terapéuticos. Además, gracias a este conocimiento en detalle de la ubicación espacio-temporal de moléculas claves para el proceso invasivo de P. falciparum nos da una plataforma para poder probar estrategias que ayuden a bloquear este proceso y desarrollar vacunas que nos permitan combatir esta enfermedad que infecta a millones de personas cada año.
Referencia:
Riglar, D., Richar... Read more »
Riglar, D., Richard, D., Wilson, D., Boyle, M., Dekiwadia, C., Turnbull, L., Angrisano, F., Marapana, D., Rogers, K., & Whitchurch, C. (2011) Super-Resolution Dissection of Coordinated Events during Malaria Parasite Invasion of the Human Erythrocyte. Cell Host , 9(1), 9-20. DOI: 10.1016/j.chom.2010.12.003
by David Castro in BioUnalm
¿Quién no conoce a las amebas?… esos diminutos organismos unicelulares, amorfos y de vida libre, que viven alimentándose de las bacterias que van encontrando en su camino. Las amebas, evolutivamente hablando, están ubicados entre los hongos y los animales, es por esta razón que poseen cierto grado de interacción social, formando agregados multicelulares cuando el alimento escasea. Este agregado celular —muy parecido a una babosa— tiene la capacidad de migrar y desarrollar cuerpos fructíferos (ver Figura), los cuales empiezan a desarrollar un tallo que en la punta posee una especie de esfera (soros) que es donde se almacenarán las esporas. Cuando madura, las esferas revientan liberando las pequeñas esporas que germinarán cuando las condiciones sean las adecuadas, iniciando nuevamente con su ciclo de vida.
Pero, ¿cómo estos simples organismos pueden llegar a ser agricultores? Hasta ahora se conocen solo unas cuantas especies que han desarrollado la agricultura como por ejemplo las hormigas cultivadoras de hongos, quienes se encargan de dispersar y sembrar las semillas —que vienen a ser las esporas de los hongos— y luego las cultivan alimentándolas con las hojas que recolectan del bosque, así tienen una constante fuente de alimento.
Debra Brock era una estudiante que se pasó toda su carrera universitaria en el Departamento de Ecología y Biología Evolutiva de la Universidad de Rice, observando y analizando a la ameba Dictyostelium discoideum, más conocida como el moho del fango (de cariño “Dicty”). Cuando analizó detenidamente los soros de 35 especímenes recolectados de varias regiones de Minnesota, observó que —a parte de las esporas de D. discoideum— algunos clones portaban bacterias.
Así que, para confirmar esta extraña observación, con la ayuda de una micropipeta se extrajo todo el contenido de los soros y los sembró en un medio de cultivo para bacterias (Agar nutritivo). Después de un par de días, empezaron a formarse colonias bacterianas. Además, Brock observó que las bacterias podían crecer en otros lugares, cuando los agregados de Dicty migraban hacia zonas libres de bacterias, antes de formar los cuerpos fructíferos, lo que indicaría que las bacterias eran llevadas “en sus bolsillos”, lo que hacía suponer que se estaban comportando como agricultores, llevando sus semillas hacia otras zonas donde no hay alimento, regenerando las colonias bacterianas de las cuales se alimentarán.
Pero, sólo el 36% de sus clones recolectados tenían esta capacidad. Así que Brock analizó sus secuencias de ADN mitocondrial y ribosomal para determinar si sus clones eran de la misma especie o no, los resultados arrojaron que no habían diferencias entre ellas, correspondiendo a la misma especie. Por otro lado, al analizar el ADN ribosomal de las bacterias presentes en los soros vieron que ellas si pertenecían a diferentes especies, y muchas de ellas formaban parte de la dieta principal de Dicty.
Para determinar la capacidad de Dicty para cargar bacterias como semillas, las sometieron a un tratamiento con antibióticos, para así eliminar cualquier bacteria que pudieran estar cargando consigo. Luego, sembraron tanto a las Dicty agricultoras como no agricultoras en medios de cultivo con una bacteria llamada Kleibsella aerogenes y les extrajeron sus soros para sembrarlas en un medio de cultivo estéril. Al cabo de un par de días, empezaron a formarse colonias de K. aerogenes en las placas que tenían los soros de las Dicty agricultoras, confirmando la capacidad de portar bacterias a manera de semillas.
Luego, Brock analizó los beneficios que le puede conferir esta peculiar característica. Lo que hizo fue cultivar las Dicty bajo diferentes condiciones: en un medio de cultivo estéril, en un medio de cultivo con bacterias y en muestras de suelo previamente esterilizadas. Luego compararon el número de esporas formadas por las Dicty agricultoras con respecto a las no agricultoras, la cual está relacionada directamente con su crecimiento y desarrollo.
Cuando las Dicty eran puestas en un medio de cultivo libre de bacterias o en muestras de suelo estériles (a y c), las Dicty agricultoras se desarrollaron muy bien gracias a su capacidad de regenerar las colonias bacterianas que eran usadas como alimento Una vez que consumían todos sus recursos empezaban a formar los cuerpos fructíferos y esporas. Las Dicty no agricultoras no se desarrollaron por no tener una fuente de alimento. Sin embargo, cuando las Dicty eran puestas en medios de cultivo con bacterias (b), las que mejor se desarrollaban eran las no agricultoras.
Lo que pasaba era que las Dicty agricultoras estaban preparadas para almacenar bacterias antes que estas se agotaran. Sin embargo, cuando estaban en un medio lleno de bacterias, a pesar que la cantidad de alimento era suficiente, las Dicty agricultoras dejaban de consumirlas y las empezaban a almacenar, mientras que las Dicty no agricultoras seguían alimentándose, por esta razón, las no agricultoras desarrollaron un poco más de esporas que las agricultoras.
Entonces, ¿cuál es la ventaja de ser agricultoras si en la naturaleza, nigún suelo está libre de bacterias? Brock et al. dedujeron que la ventaja que tenían era que las Dicty agricultoras podrían llevar consigo las bacterias que fueran más beneficiosas o nutritivas para ellas. Es como lo que hicieron los humanos cuando iniciaron la agricultura hace unos 12,000 años. Primero seleccionaron las semillas de los mejores frutos, ya sean los más grandes o los más sabrosos, y cuando migraban se llevaban consigo las semillas de esos frutos, a pesar que en las zonas donde se asentarían poseía su propia diversidad de plantas y frutos. Lo mismo hacen las Dicty, llevan consigo las "semillas" de las bacterias que ellos prefieren, ya que a pesar de que D. discoideum es una sóla especie, se ha observado que sus preferencias alimenticias varían entre diferentes poblaciones.
Otra cosa interesante que se observó fue que las Dicty agricultoras no migraban tanto como las no agricultoras. Esto se debería a que como las agricultoras tienen las semillas para generar sus alimentos, no necesitan desplazarse mucho, ya que en cualquier región pueden regenerar colonias bacterianas, mientras que las no agricultoras deben migrar lo suficiente como para encontrar regiones ricas en bacterias.
Entonces, la coencción entre sociedad y agricultura no fue un hecho fortuito y al parecer es un proceso común en la naturaleza. Las Dicty pueden asegurar la alimentación de sus descendientes al cargar las semillas que les brindarán alimento en sus esporas. Además, al tener esta estrategia no se verán en la necesidad de tener que explorar otras regiones en busca de alimento. Aunque el mecanismo agrícola que manejan no es tan complejo como el de las hormigas o termitas, quienes no sólo siembran sus semillas, es este caso las esporas de los hongos, sino que también las cultivan porque alimentan a los hongos con material vegetal para que puedan crecer y desarrollarse, para luego cosecharlas y alimentarlas. En el caso de D. discoideum es como la parte inicial de la agricultura, como cuando el hombre se dio cuenta que las pepas de los frutos que consumían podían regenerar el fruto. Al inicio no las regaban, pero más tarde se dieron cuenta que si lo hacían, y además las abonaban, los frutos crecerían más rápido y serían más grandes.
Referencia:
... Read more »
Brock, D., Douglas, T., Queller, D., & Strassmann, J. (2011) Primitive agriculture in a social amoeba. Nature, 469(7330), 393-396. DOI: 10.1038/nature09668
by David Castro in BioUnalm
Este estudio fue publicado el viernes pasado en Science, el cual me pareció bastante extraño y diferente a los artículos que suelen ser publicados en esta revista. Básicamente trata de que si uno invierte 10 minutos antes de un examen para escribir sus miedos y preocupaciones, podrá mejorar su rendimiento obteniendo una mejor calificación. Pero, antes de comentarlo en el blog, quise poner a prueba esta teoría en un examen muy importante que iba a tener el sábado pasado; sin embargo, por cosas del destino, no hubo examen y no lo pude hacer. Creo que a muchos nos ha pasado que cuanto más presionados estamos antes de dar un examen importante, sentimos que peor lo damos o que la ansiedad es tan fuerte que cometemos más errores o que simplemente nos bloqueamos (“frikeamos”). Ejemplos de este tipo de exámenes son el final de un curso muy complicado, el de un concurso de matemáticas, el de selección para una beca, o el clásico examen de admisión para la universidad. Este bloqueo suele ocurrir cuando los incentivos de dar un buen examen son altos o las consecuencias de dar un mal examen son graves, provocando una enorme preocupación en la persona. Muchos estudios han demostrado que cuando un estudiante se siente ansioso, se preocupa mucho por como saldrá en el examen. Las preocupaciones compiten con la memoria a corto plazo por la atención de la memoria de trabajo, el cual es un sistema envuelto en el control y regulación de una cantidad limitada de información relevante que será inmediatamente utilizada. Entonces, si esta capacidad de la memoria de trabajo es perturbada por las preocupaciones, su desempeño será comprometido. Un estudio previo ya había demostrado que cuando una persona escribe por varias semanas sobre alguna experiencia emotiva o traumática, que no lo deja estar tranquilo, sus niveles de ansiedad y depresión se reducían considerablemente, sintiéndose mucho mejor, psicológicamente. Así que Gerardo Ramirez y Sian L. Beilock de la Universidad de Chicago razonaron que si las preocupaciones bajaban el rendimiento de un estudiante al dar un examen, tal vez, si se les daba un tiempo para escribir sus emociones, su desempeño podría mejorar. Para probar esta hipótesis, Ramirez & Beilock dos estudios diferentes. En el primer estudio, un grupo de estudiantes fueron sometidos a una primer examen de matemáticas y les dijeron simplemente que lo den lo mejor posible. Para el segundo examen, los investigadores generaron un escenario de gran presión. Para ello agruparon estudiantes en pares y les dijeron que había un fuerte incentivo monetario para aquellas parejas donde los dos estudiantes alcanzaban el puntaje máximo. Para aumentar la presión y la ansiedad en los estudiantes, les dijeron que su compañero ya había conseguido el máximo puntaje, así que todo dependía de que ellos también consiguieran el puntaje máximo. Luego, diez minutos antes de dar el examen, a un grupo de estudiantes se les dio un sobre con algunas instrucciones mientras que al otro grupo no se les dio nada. Al grupo que se les dio el sobre con instrucciones se les pidió que escribieran acerca de las cosas que estaban sintiendo o pensando en ese momento, mientras que el otro grupo se les mantuvo quietos hasta el inicio de la prueba. Para sorpresa de los investigadores —tal como habían hipotetizado— aquellos estudiantes que escribieron sus pensamientos mejoraron su desempeño en el examen con respecto al grupo que se les mantuvo tranquilos esperando el inicio del examen. Pero, no se sabía si era sólo el hecho de escribir el que mejoraba el desempeño en el examen, o era escribir sobre algún tipo de emoción o pensamiento el responsable de esta mejora (Figura izquierda). Así que a este experimento le agregaron una segunda condición en otro laboratorio. En este caso, a un grupo de estudiantes se les pidió que escribieran sobre algún evento emocional que no tiene nada que ver con el examen, a otro grupo se le pidió que escribieran sobre lo que estaban sintiendo en ese momento acerca del examen y al grupo control se los mantuvo tranquilos durante esos 10 minutos. Los resultados mostraron que eran los estudiantes que escribieron acerca de sus emociones los que mejoraron su desempeño en el examen, mientras que los que escribieron sobre un evento no relacionado con el examen o los que no hicieron nada, bajaron su desempeño (Figura derecha). Al analizar las cosas que escribieron el grupo que mejoró su desempeño observaron que expresaban emociones negativas y de miedo, por ejemplo: “Tengo miedo, voy a cometer un error”. Entonces, es posible que escribiendo nuestros miedos y preocupaciones antes de dar el examen, nos permiten reducir o liberar la ansiedad, mejorando el desempeño de la memoria de trabajo. Entonces, si esta teoría es cierta, aquellos estudiantes que eran más ansiosos mostrarían una gran mejoría con respecto a aquellos estudiantes capaces de controlar sus niveles de ansiedad. Para esto, los investigadores diseñaron dos experimentos más, esta vez a largo plazo tomando estudiantes de una escuela secundaria. Primero, se les hizo un test de ansiedad para dividirlos en dos grupos: los más ansiosos y los menos ansiosos. Luego, se registró sus notas obtenidas en sus tres primeros exámenes y antes del examen final, a un grupo —tanto de los ansiosos como de los no ansiosos— se les pidió que escribieran sus emociones y pensamientos acerca del examen y al otro grupo se les pidió que escribieran sobre un tema irrelevante o que no tenga nada que ver con el examen, tal como en el segundo experimento. Luego de 10 minutos, se procedió a tomarles el examen. Como era de esperarse, los estudiantes más ansiosos que habían escrito sus emociones mejoraron notablemente su desempeño en el examen final del curso, mientras que aquellos estudiantes con bajos niveles de ansiedad no mostraron diferencias significativas entre aquellos que habían escrito sobre sus emociones y sentimientos con respecto a los que habían escrito algo no relacionado con el examen. De esta manera, Ramirez & Beilock demostraron que invertir un pequeño tiempo para escribir tus miedos y preocupaciones con respecto al examen que estás a punto de dar, puede mejorar tu desempeño y podrás obtener un mejor resultado, siempre y cuando tus niveles de ansiedad y nerviosismo sean tan altos debido a la relevancia del examen. Así que prueben este método antes de dar su próximo examen y me cuentan como los fue. OJO, esto no significa que si no estudias para tu examen y 10 minutos antes escribes: “Tengo miedo de salir jalado por que no estudié” te vas a librar y vas a tener una buena nota, cuidadito no más con echar la culpa al artículo por tu jalado en el examen. Referencia: Ramirez, G., & Beilock, S. (2011). Writing About Testing Worries Boosts Exam Performance in the Classroom Science, 331 (6014), 211-213 DOI: 10.1126/science.1199427 Imagen: Flickr ... Read more »
Ramirez, G., & Beilock, S. (2011) Writing About Testing Worries Boosts Exam Performance in the Classroom. Science, 331(6014), 211-213. DOI: 10.1126/science.1199427
by David Castro in BioUnalm
Cuando uno llega a la edad de 40 debe empezar a preocuparse por la salud y funcionamiento de su próstata, y es que el cáncer de próstata es el segundo más frecuente en los varones de nuestro país. De sólo ponerme a pensar en los síntomas, tal como diría el Dr. Chapatin, “ya me dio cosas”. El problema es que las primeras etapas del desarrollo de cáncer de próstata son asintomáticos, y recién se siente las dificultades, dolor y sangrado al orinar cuando está ya avanzado, llegando a ser mortal. Los tratamientos van desde la quimio y radioterapia, hasta la remoción de la próstata mediante una cirugía. Sin embargo, científicos del Departamento de Carcinogénesis Molecular de la Universidad de Texas, liderados por el Dr. Can Liu, encontraron que un microARN puede inhibir la diseminación del cáncer de próstata a través de la supresión de una proteína comúnmente encontrada en la superficie de las células madre cancerosas. Su trabajo fue publicado hoy en la revista Nature Medicine. Para recordar un poco, los microARNs (miARN) son pequeñas secuencias de ARN que varían entre 21 y 25 nucleótidos y son capaces de inhibir la expresión de muchos genes a nivel del ARN mensajero. Muchos estudios han revelado que los miARNS funcionan como supresores tumorales y reguladores de oncogenes, ya que mutaciones o fallas en su expresión están relacionados con el desarrollo de varios tipos de cánceres humanos. Por otro lado, las Células Madre Cancerosas (CMC) —también conocidas como Celulas Iniciadoras de Tumor— debido a su capacidad de autoregenerarse, recrean la heterogeneidad celular de los tumores parentales y son más resistentes que los otros tipos de células cancerosas a los tratamientos con agentes terapéuticos, son las principales responsables de las recurrencias de los tumores y de la metástasis (diseminación de las células cancerosas hacia otros tejidos). Estas capacidades son más frecuentes en las CMC que tienen una proteína específica de superficie de membrana llamada CD44. Así que Liu et al. hicieron un análisis de los miARNs que se expresaban tanto en las CMC con CD44 (CD44+) y en las CMC sin CD44 (CD44-), presentes en ratones modelos con cáncer de próstata, y encontraron que los niveles de expresión de un miARN llamado miR-34a en CD44+ era menor al 3% que los niveles de expresión en CD44-. Esto quiere decir que miR-34a regula la expresión de la proteína de superficie CD44 y cuando los niveles de miR-34a son menores el cáncer de próstata será más agresivo. Estos resultados obtenidos de animales modelos fueron corroborados mediante el análisis de 18 muestras de pacientes con cáncer de próstata. Los niveles de expresión de los miR-34a en las CD44+ fueron sólo entre el ~25-70% de los niveles en las CD44-. b) Nivel de expresión de miR-34a en 4 muestras de animales modelos y c) Nivel de expresión de miR-34a en muestras de 18 pacientes con cáncer de próstata. La expresión de miR-34a esta regulado por la p53, uno de los principales factores de transcripción de la célula que regula su buen funcionamiento a varios niveles (división celular, reparación del ADN, entrada en senescencia, apoptosis, etc.). Entonces, miR-34a debe estar envuelto en alguno de estos procesos. Cuando los investigadores insertaron miR-34a a ratones con cáncer de próstata, el tamaño de sus tumores se redujo a menos de la mitad que el tamaño de los tumores de los ratones que no recibieron el tratamiento con miR-34a. Por el contrario, cuando se insertó un represor de miR-34a a una CD44- los tumores generados fueron más grandes que en las CD44- control. Estos resultados son bastante alentadores porque demuestran la función de miR-34a en el desarrollo de los tumores y la eficacia de un tratamiento usando miARNs. Por otro lado, muchas de las características de las CMC como son la capacidad de autoregeneración, crecimiento clonal y formación de esferas celulares, fueron suprimidas cuando se incrementó la expresión de miR-34a en las líneas celulares del cáncer de próstata. Cuando se hizo un tratamiento con miR-34a sintético y fue administrado vía intravenosa a ratones con cáncer de próstata, se redujo el peso de un tipo de tumor en un 50%. Además, la diseminación de las células cancerosas a otros tejidos como los pulmones fue reducida y la supervivencia de los animales aumentó considerablemente. Finalmente, otro tipo de tratamiento fue probado usando un tipo de ARN llamado ARN de pequeña horquilla (shRNA) que se une al ARN mensajero de CD44, formando una especie de bucle que inhibe su expresión. Este tratamiento también funcionó reduciendo la diseminación de la célula cancerosa y el tamaño de los tumores, al igual que el uso de los miR-34a. Sin dudas es un gran avance para desarrollar un tratamiento mas eficaz y menos invasivo para el tratamiento del cáncer de próstata. Hay muchas compañías que están desarrollado agentes terapéuticos basados en moléculas de ARN y de seguro, dentro de algunos años, podremos verlos en el mercado. Referencia: Liu, C., Kelnar, K., Liu, B., Chen, X., Calhoun-Davis, T., Li, H., Patrawala, L., Yan, H., Jeter, C., Honorio, S., Wiggins, J., Bader, A., Fagin, R., Brown, D., & Tang, D. (2011). The microRNA miR-34a inhibits prostate cancer stem cells and metastasis by directly repressing CD44 Nature Medicine DOI: 10.1038/nm.2284 BioUnalm
... Read more »
Liu, C., Kelnar, K., Liu, B., Chen, X., Calhoun-Davis, T., Li, H., Patrawala, L., Yan, H., Jeter, C., Honorio, S.... (2011) The microRNA miR-34a inhibits prostate cancer stem cells and metastasis by directly repressing CD44. Nature Medicine. DOI: 10.1038/nm.2284
by David Castro in BioUnalm
Vivimos en un mundo en el cual el agua es un bien cada vez más escaso. La agricultura —que es la actividad humana que más agua utiliza— es consciente de este problema y tiene como principal objetivo desarrollar cultivares que requieran cada vez menos agua y sean más resistentes a los ambientes secos. Científicos de la Universidad de Purdue, han encontrado una mutación en un gen que permite a la planta modelo, Arabidopsis thaliana, soportar bajos niveles de agua sin perder biomasa. Este trabajo fue publicado en la revista Plant Cell. Las plantas, naturalmente, abren y cierran sus estomas, los cuales son unos poros por donde entra el CO2 para ser fijado y transformado en nutrientes gracias a la fotosíntesis. Sin embargo, al abrir sus estomas, la planta también pierde agua debido a la transpiración. Por ejemplo, las plantas que viven en zonas desérticas han evolucionado un mecanismo que les permite evitar la pérdida del valioso líquido. Durante el día, los estomas permanecen cerrados para evitar la pérdida de agua por el fuerte calor y la sequedad del ambiente, sin embargo, la energía producida por la luz del sol es almacenada para ser usada durante la noche, que es cuando abren sus estomas para permitir el paso del CO2 con una poca pérdida de agua, debido a las bajas temperaturas. Entonces, para diseñar una planta que sea resistente a los ambientes secos o requieran de poca cantidad de agua para crecer, ¿deberíamos mantener cerrados sus estomas? Sí, pero al hacer esto, la planta no podrá asimilar CO2 y limitará la eficiencia de su fotosíntesis y, por lo tanto, su crecimiento. En otras palabras, habrá una pérdida de biomasa, lo que significa una menor productividad. Los investigadores de la Universidad de Purdue, liderados por Chal Yul Yoo, encontraron una mutación en Arabidopsis thaliana que reducía su número de estomas. Así que a un menor número de estomas, la pérdida de agua por transpiración será menor. Sin embargo, lo más interesante del descubrimiento fue que, a pesar de tener menos estomas, su capacidad para asimilar el CO2 no fue afectada ya que fue similar al de las plantas silvestres. Un análisis molecular identificó al gen gtl1 (GT-2 LIKE 1), el cual es un factor de transcripción encargado de regular la expresión de determinados genes. Al presentarse este gen mutado, la asimilación de CO2 no se veía afectada pero la pérdida de agua se redujo en in 20%. Para determinar la asimilación de CO2 pusieron a las plantas dentro de una cámara cerrada con una cantidad conocida de CO2. Después de un periodo de tiempo se cuantificó la cantidad de CO2 que quedó en la cámara usando un analizador de gases infrarrojo. Lo mismo hicieron para determinar la cantidad de agua liberada, para esto cuantificaron —usando el mismo equipo del experimento anterior — el vapor de agua había en la cámara después de un determinado tiempo. Además, las plantas con las mutaciones en el gen gtl1 tuvieron un mayor porcentaje de supervivencia (Figura E y F) y una mayor facilidad de recuperación después de haber sido sometidos a muy bajas concentraciones de agua en el suelo (Figura D). Luego, quisieron determinar que genes eran afectados por este factor de transcripción mutante. Para esto, identificaron los 20 genes conocidos que controlan el desarrollo de los estomas. Los investigadores observaron que era el gen sdd1 (STOMATAL DENSITY AND DISTRIBUTION 1) el que estaba altamente expresado en los mutantes. Este gen, como su nombre lo dice, es el responsable de regular el número de estomas en las hojas. Al parecer el gen sdd1 está regulado por GTL1, y como en los mutantes este factor de transcripción no funciona, sdd1 podrá expresarse libremente., reduciendo el número de estomas. Este estudio demuestra que pueden desarrollarse cultivares que requieran menor cantidad de agua sin afectar su rendimiento y productividad, así que el siguiente paso es buscar e identificar genes homólogos a gtl1 en plantas cultivadas y ver si los mutantes también responden de la misma manera. Referencia: Yoo, C., Pence, H., Jin, J., Miura, K., Gosney, M., Hasegawa, P., & Mickelbart, M. (2010). The Arabidopsis GTL1 Transcription Factor Regulates Water Use Efficiency and Drought Tolerance by Modulating Stomatal Density via Transrepression of SDD1 THE PLANT CELL ONLINE DOI: 10.1105/tpc.110.078691 Imagen: Flickr @cmdphotos. BioUnalm
... Read more »
Yoo, C., Pence, H., Jin, J., Miura, K., Gosney, M., Hasegawa, P., & Mickelbart, M. (2010) The Arabidopsis GTL1 Transcription Factor Regulates Water Use Efficiency and Drought Tolerance by Modulating Stomatal Density via Transrepression of SDD1. THE PLANT CELL ONLINE. DOI: 10.1105/tpc.110.078691
by David Castro in BioUnalm
La receta para producir dos especies diferentes a partir de una, requiere de mucho tiempo y algún tipo de separación geográfica permitiendo que cada una de estas poblaciones evolucionen de manera independiente, adquiriendo caracteres que eviten el flujo genético entre ellas. Este proceso es conocido como especiación.
La selección natural también puede favorecer directamente la formación de especies a través de un mecanismo llamado "refuerzo" que fue descrito por primera vez en 1889 por Alfred Russel Wallace, por esta razón también es conocido como efecto Wallace. Básicamente lo que dice esta teoría es que cuando dos poblaciones de una misma especie son separadas empezando a evolucionar independientemente, si después de un tiempo experimentan un nuevo contacto, los híbridos generados no estarán tan bien adaptados como los padres, y la selección natural terminará por eliminarlos, de esta manera, ya no habrá flujo genético entre ellas, favorecerá el aislamiento reproductivo y acelerará el proceso de especiación.
En animales, el refuerzo puede llevarse a cabo mediante pequeños cambio en el olor, color de plumas o pelos o en los rituales de apareamiento, los cuales pueden promover el aislamiento reproductivo y la especiación. Sin embargo, las plantas no bailan, ni huelen, ni se mueven para escojer a sus parejas, la forma como pueden hacerlo es a través del color de sus flores, las cuales serán preferidas por determinados insectos, quienes las polinizarán con aquellas que sean igual de atractivas para ellos. Aquí se puede generar un aislamiento reproductivo.
Sin dudas es mucho más fácil que el aislamiento reproductivo se de en una especiación alopátrica, donde las especies se desarrollan en regiones diferentes, donde la probabilidad de flujo genético es limitada por la distancia y las barreras geográficas. Sin embargo, el refuerzo es clave para el aislamiento reproductivo en una especiación simpátrica, donde las especies se desarrollan en la misma región y el flujo genético debe ser regulado usando otras estrategias evolutivas.
Fue así que Robin Hopkins y Mark Rausher de la Universidad de Duke estudió unas flores silvestres comunes de Texas correspondientes a dos especies bastante relacionadas: Phlox drummondii y Phlox cuspidata. Estas dos especies son polinizados por los mismos insectos y tienen la capacidad de cruzarse formando híbridos, los cuales son vigorosos pero la mayoría son estériles. Cuando estas dos especies crecen en dos regiones diferentes (alopátricas) ambas tienen flores de color azul claro; sin embargo, cuando estas dos especies crecen en la misma región (simpátricas), las flores de P. drummondii adquieren un color rojo oscuro. Hopkins & Rausher encontraron que el cambio de color de las flores de P. drummondii reducía el cruce interespecífico en un 66% y mediante un estudio genético encontraron que los responsables de este cambio de color estaban codificados en dos locus de la planta. Los resultados fueron publicados ayer en Nature.
Lo que hicieron Hopkins & Rausher fue tomar a las dos variantes de P. drummondii — las de flores azul claro y las de flores rojo oscuro— y las cruzaron entre sí. Los primeros descendientes de este cruce se les llamó F1, a ellos se los volvió a cruzar entre sí para obtener la segunda generación llamada F2. En la F2 observaron 4 patrones diferentes de color: Azul oscuro, azul claro, rojo claro y rojo oscuro, en una proporción 9:3:3:1. Vaya, por si no recuerdan algo de genética, este patrón 9:3:3:1 es característico de la segunda Ley de Mendel (la segregación de caracteres independientes). Gracias a este patrón, Hopkins & Rausher dedujeron que el color de las flores estaba gobernado por dos locus. Uno que codificaba para el matiz de la flor (H: azul - h: rojo) y el otro para la intensidad (I: oscuro - i: claro).
El locus H, responsable del matiz azul (dominante) y rojo (recesivo), fue identificado como la enzima flavonoide 3' 5' hidroxilasa (F3'5'H). En las flores rojas el nivel de transcripción de esta enzima era menor que en las azules, lo cual hacía que las antocianinas estén menos hidroxiladas. Las antocianinas menos huidroxiladas como las cianidinas y peonidinas son rojas, mientras que las más hidroxiladas como las delfinidinas son azules. La represión de este gen era de forma CIS, o sea, el mecanismo de regulación actuaba dentro del mismo cromosoma, ya que cuando estudiaron a heterocigota para este alelo (Hh), los niveles de contribución del alelo rojo (h) fueron nulos.
El locus I, responsable de la intensidad clara u oscura, fue identificado como un factor de transcripción llamado Myb que activa coordinadamente las enzimas pertenecientes al grupo ABP (anthocyanin biosynthetic pathway). Hopkins & Rausher observaron que cinco enzimas pertenecientes a las ABP aumentaron sus niveles de expresión cuando estaba presente el locus I (oscuro) con respecto a las claras (locus i). Además, al igual que en el locus anterior, el efecto de Myb era en función CIS, sólo actuaba dentro del cromosoma donde se encontraba el alelo.
Los hallazgos de Hopkins & Rausher son bastante interesantes ya que nos muestra como funciona el refuerzo en la especiación de las plantas. En este caso basta con pequeños cambios en dos locus para que el fenotipo de la planta cambie por completo. Además, en este caso, el resultado del híbrido (azul oscuro) tiene un aspecto diferente al de los progenitores y se ha visto que los insectos tienen la capacidad de discriminar este color. En la naturaleza, el híbrido será el resultado del cruce de Phlox drummondii y Phlox cuspidata, cuya descendencia, en su mayoría, es estéril. Este híbrido al no tener una aptitud biológica (fitness), la selección natural lo eliminará ya que sus polinizadores no los visitarán y los pocos que sean fértiles no podrán tener descendientes, aumentando el aislamiento reproductivo entre estas dos especies y favoreciendo la especiación.
La clave para que esto funcione es que un nuevo alelo sea dominate y el otro recesivo, de esta manera, los híbridos serán completamente diferentes a los progenitores y serán fácilmente discriminados. Además este trabajo muestra que no necesariamente el alelo dominante se fijará en la población, también puede ser independiente de la dominancia, manteniendo la variabilidad genética. Ahora quedaría por investigar por qué los insectos se ven desanimados a visitar a los híbridos, tal vez haya otro mecanismo no contemplado.
Referencia:
Hopkins, R., & Rausher, M. (2011). Identification of two genes causing reinforcement in the Texas wildflower Phlox drummondii Nature DOI: 10.1038/nature09641 BioUnalm
... Read more »
Hopkins, R., & Rausher, M. (2011) Identification of two genes causing reinforcement in the Texas wildflower Phlox drummondii. Nature. DOI: 10.1038/nature09641
by David Castro in BioUnalm
Antes de empezar definiré qué es la vernalización. Para esto quiero que se pregunten ¿por qué la gran mayoría de plantas florecen en primavera más que en otras estaciones? Tal vez muchos se han hecho esta pregunta cuando eran niños, tal vez otros se la sigan haciendo pero les da vergüenza preguntar. La respuesta es que las plantas, al ser sometidas a un prolongado periodo a bajas temperaturas, adquieren una competencia para producir flores, a este fenómeno se le llama vernalización. Tal vez este fenómeno no es apreciable en nuestro país y en otros países ubicados cerca al ecuador, ya que por nuestra latitud, las temperaturas no pasan de 35°C en el verano a -20°C en el invierno como en Europa o EEUU. En el Perú, generalmente van de 35°C a 22°C en la selva, de 25°C a 5°C en la sierra y de 30°C a 10°C en la costa, dependiendo si es verano o invierno, respectivamente. Además, como la duración del día y la noche tanto en verano como en invierno no se desvían más de 1 hora (11 – 13 horas), nuestra temperatura promedio por día es bastante agradable. La vernalización es ampliamente aprovechada por los horticultores, para inducir la floración de sus plantas ornamentales en cualquier momento del año, siempre y cuando tengan un vivero con la temperatura y la iluminación controlada. Los horticultores ponen a sus plantitas en ambientes fríos por unas cuantas semanas y luego las regresan al ambiente con una temperatura agradable, al cabo de unos días empiezan a florecer. En otras palabras, someten a las plantas a un invierno artificial. Es por esta razón, que en la naturaleza, las plantas florecen en primavera, justo después del invierno, para así garantizar su éxito reproductivo. Sin embargo, se desconoce las bases bioquímicas y moleculares de este fenómeno. Además, tampoco se entiende por qué se da este fenómeno sólo en el invierno y no en el otoño, donde las temperaturas también son bajas la mayoría de los días. Fue así que Jae Bok Heo y Sibum Sung, ambos investigadores de la Universidad de Texas estudiaron a profundidad cómo se da este mecanismo en la planta modelo Arabidopsis thaliana. En A. thaliana la vernalización está controlado por el locus FLC (FLOWERING LOCUS C), quien es un potente represor de la floración. Durante el invierno, la cantidad de ARN mensajero (ARNm) de FLC disminuye progresivamente. La expresión de FLC baja debido a cambios en la estructura de la cromatina. Los cambios en la cromatina están controlados por un grupo de proteínas llamadas Polycomb como la PRC2. Por si no lo recuerdan, el ADN al ser tan largo que no cabría dentro de la célula, necesita empaquetarse y compactarse. Este empaquetamiento se da gracias a la acción de unas proteínas llamadas Histonas, que sirven como sostén para que el ADN se enrolle sobre él. De esta manera se forman los cromosomas. Pero, cuando el ADN está empaquetado no puede ser transcrito y los genes no serán expresados. Pero, un reciente descubrimiento muestra que el locus FLC al ser expresado de manera inversa, genera un ARN antisentido que boquea al ARNm de FLC. Este ARN antisentido se llama COOLAIR, el cual reprime a FLC durante la primera fase de la vernalización. Entonces, para que no se pierdan, haremos un recuento cronológico. Una vez que las flores fueron fecundadas, las altas temperaturas del verano y las temperaturas templadas del otoño mantienen activa la expresión del locus FLC, reprimiendo la floración de las plantas durante estas estaciones. Cuando llega el invierno, el constante frío hace que los niveles de FLC empiecen a caer, gracias a la acción de PCR2 que modifica la cromatina y el aumento en la expresión del ARN antisentido COOLAIR que bloquea al ARNm de FLC. Sin embargo, hasta ahora no se sabía como PCR2 se unía a la cromatina para modificarla. Así que Heo & Sung identificaron otro ARN no codificante que se expresa una vez que COOLAIR alcanza su pico máximo de expresión. A este ARN le pusieron el nombre de COLDAIR (COLD ASSISTED INTRONIC NO CODING RNA). El promotor de este ARN no codificante se encuentra en el primer intrón del locus FLC (ver Figura). Recordemos que en eucariotas, los genes están conformados tanto por intrones y exones. Cuando se transcribe un gen a partir de ADN se forma un pre-ARNm, el cual posee tanto los intrones como los exones, sin embargo, los intrones no llegan a traducirse en proteínas y por lo tanto son eliminados en un proceso conocido como splicing. De esta manera el pre-ARNm pasa a ser un ARNm, compuesto de puros exones. La inducción de la expresión de COLDAIR sólo depende del frío, mas no de otros factores de transcripción codificados en el genoma de la planta, así que se acción es independiente. Pero, ¿por qué COLDAIR no se expresa en otoño cuando hay algunos días fríos? La clave es que COOLAIR modifica la cromatina de tal manera que COLDAIR pueda expresarse. Y como vimos anteriormente, la cantidad de COOLAIR aumenta gradualmente a medida que la planta está siendo sometida al frío. Cuando COOLAIR alcanza un pico máximo de expresión recién en ese momento se expresa COLDAIR y la cantidad de ARNm de FLC cae considerablemente. A este pico máximo se le llama umbral. Esta es la explicación de por qué se requiere de una prolongada exposición al frío continuo para que la planta experimente la vernalización. Para que los niveles de COOLAIR logren acumularse hasta alcanzar el pico máximo. Ahora, ¿para qué sirve COLDAIR? Ya vimos que PCR2 es necesario para la modificación de la cromatina y la posterior represión de FLC. Sin embargo, PCR2 está unida a una región del locus FLC que no afecta su transcripción, así que PCR2 debe ser movido hacia un punto donde si afecte la expresión de FLC. COLDAIR se encarga de este trabajo manteniéndose el tiempo suficiente como para que PCR2 sea capturado y realice su trabajo de modificar la cromatina. Una vez PCR2 se ubica en el locus FLC, modifica las histonas H3 mediante metilaciones, formando una estructura más estable y empieza a unirse a más PCR2 gracias a la acción de proteínas accesorias como la VIN3 y la VIL1. En este punto ya no se requiere de la presencia de COLDAIR y termina por desaparecer. Así que para el final de la vernalización ya no hay ni FLC, ni COOLAIR ni COLDAIR y la planta empieza a formar las flores, coincidiendo justo con el inicio de la primavera. Aquí les pongo un diagrama que resume todo el proceso: Las plantas están muy adaptadas a su ambiente. Su sistema de represión de FLC está sincronizado con la duración del invierno según la región donde habitan. Es por esta razón que hay muchas plantas ornamentales que nunca producirán sus bellas flores si no se encuentran en su ambiente natural. Hacer una vernalización artificial es la mejor solución. Esto también explica por qué el calentamiento global afecta el comportamiento de las plantas, ya que se ha observado que algunas plantas han adelantado sus periodos de floración durante los últimos años. Esto puede perjudicarlas enormemente ya que los insectos que las polinizan y las aves que transportan sus semillas pierden la sincronización, y hay una considerable pérdida en la biodiversidad. Aún falta determinar cómo hace el frío para inducir la expresión de COOLAIR y COLDAIR, y como FLC vuelve a su estado activo una vez que las temperaturas aumentan. Una posible explicación es que... Read more »
Heo, J., & Sung, S. (2010) Vernalization-Mediated Epigenetic Silencing by a Long Intronic Noncoding RNA. Science, 331(6013), 76-79. DOI: 10.1126/science.1197349
by David Castro in BioUnalm
Sin ser expertos en el tema, casi todas las personas saben que el cáncer no se da de un día para otro, sino que va evolucionando gradualmente, tomando varios años para acumular múltiples mutaciones que son requeridas para el crecimiento y proliferación agresiva de la célula cancerígena, generando tumores y diseminándose por todo el cuerpo (metástasis). Es por esta razón que si el cáncer es detectado a tiempo, en sus primeras fases, es más fácil de ser tratado, pero cuando ya se diseminó por todo el cuerpo o ha alcanzado algún órgano crítico, las chances de recuperarse son muy bajas. Sin embargo, el día de ayer se reportó en la revista Cell que en ciertos casos, el cáncer se puede desarrollar en un instante preciso, dejando poco tiempo al paciente para ser tratado. ¿Cómo puede ser esto posible? Como mencioné en el primer párrafo, un cáncer se desarrolla a través de la acumulación de mutaciones. Estas mutaciones pueden darse en distintos lugares como en los genes que expresan los factores antitumorales como la p53, también puede darse a nivel de los telómeros quienes evitan que los cromosomas se fusionen, también se puede dar a nivel de reguladores del ciclo celular que provocan que la célula empiece a dividirse incontrolablemente, o también se puede dar a nivel de cortes o rupturas en el ADN que generan translocaciones de ciertas regiones de los cromosomas hacia otros lugares. Cuando el ADN se rompe la célula puede tomar dos caminos: o bien induce la muerte de la célula dañada a través de la apoptosis o bien trata de reparar el ADN para que la célula siga con su vida. Tomar uno u otro camino dependerá de la gravedad de la situación y el nivel de expresión de sus factores de transcripción. Fue así que el Dr. Peter Campbell del Instituto Sanger y sus colaboradores hicieron una asombrosa observación. Campbell et al. vieron que en algunos cánceres, el genoma puede ser destruido en cientos de fragmentos en una única catástrofe celular, causando mutaciones a escala masiva. En otras palabras, en vez que las mutaciones tomen muchos años en acumularse, en este fenómeno llamado “cromotripsis”, la acumulación de mutaciones se da en un preciso instante. Pero, el problema no es este, ya que ante tal daño del ADN, la célula opta por morir. El daño en el ADN es una señal usada por los puntos de control (“checkpoints”) del ciclo celular para detenerlo e iniciar la apoptosis. Sin embargo, en algunos casos, las células intentan reparar el ADN —a pesar que se encuentre sumamente fragmentado. Pero, reparar y pegar todos los fragmentos de ADN no es un trabajo sencillo y muchas veces no se logra hacer de manera adecuada, generando translocaciones (cambio de posición de fragmentos de ADN) los cuales afectan la capacidad de la célula para dividirse y finalmente mueren. Pero, también hay casos en que estas translocaciones pueden amplificar ciertos oncogenes o eliminar genes supresores de tumores. Campbell et al. usaron técnicas de secuenciamiento para determinar los patrones en la translocación de los fragmentos de ADN en varios tipos de cáncer: colón, pulmón, pancreático, melanoma y hueso; y descubrieron un re-arreglo masivo de los fragmentos de ADN, especialmente en los cromosomas 9 y 13, justo donde se encuentran los principales genes relacionados con el cáncer. Debido a la naturaleza del daño, los investigadores vieron que era imposible que este tipo de re-arreglos se halla dado de manera gradual, ya que las translocaciones eran tantas que si la acumulación de ellas hubiera sido paulatinamente la célula hace tiempo hubiera muerto o hubiera inducido a un tumor. Campbell et al. sugirieron que este evento catastrófico se dio en un sólo paso, algo que hasta ahora no había sido el observado por los científicos. Este evento es bastante extraño, los investigadores estimaron que sólo ocurre en el 3% de todos los cánceres, aunque, debido a la prevalencia de cáncer en el mundo, este 3% significa un gran número de pacientes. Sin embargo, este evento fue más frecuente en el cáncer de hueso, donde el 25% de los pacientes analizados, desarrolló el cáncer por este mecanismo. Aún no se sabe por qué se da este evento catastrófico en las células, y por qué el hueso es más susceptible a ello. Los investigadores sugieren que estos daños pueden ser como resultado a la exposición a radiaciones ionizantes (rayos X o gamma) ya que este tipo de radiación es la única capaz de romper el ADN de esta forma tan abrupta. Pero, para que esta hipótesis planteada por Campbell et al. sea probable, los pacientes debieron haber estado expuestos a una gran cantidad de dicha radiación, lo cual es muy poco probable ya que para ello o bien estuvieron cerca de alguna región donde hubo un accidente nuclear (explosión de un reactor o de una bomba atómica), algo que no se da muy a menudo, o bien fueron sometidos a algún tipo de examen radiológico y la dosis recibida fue más alta de la recomendada. A parte de ello, cada persona tiene un diferente grado de sensibilidad a las radiaciones ionizantes. Otra explicación es que los huesos son los más afectados por las radiaciones ionizantes. Por ejemplo, los radionúclidos usados en la medicina nuclear, los cuales son de naturaleza metálica como el Tecnecio-99, tienen una alta afinidad por los huesos si es que no son administrados con una molécula transportadora específica por algún tejido. Tal vez, estos pacientes se hicieron algún examen médico usando marcadores radiactivos, los cuales no fueron preparados de manera adecuada, y la cantidad de radionúclidos libres fue alta que se alojó en los huesos y desarrolló el cáncer. Sin embargo, también podría haber una explicación de origen biológico, algún mecanismo celular desconocido por la ciencia. Para ello Campbell piensa inducir el fenómeno in vitro usando líneas celulares humanas y someterlas a altas dosis de radiación como las experimentadas tras el accidente de Chernóbil o de la bomba atómica de Hiroshima, y ver si la radiación es capaz de inducir el cpancer a través de la cromotripsis. Referencia: Stephens, P., Greenman, C., Fu, B., Yang, F., Bignell, G., Mudie, L., Pleasance, E., Lau, K., Beare, D., & Stebbings, L. (2011). Massive Genomic Rearrangement Acquired in a Single Catastrophic Event during Cancer Development Cell, 144 (1), 27-40 DOI: 10.1016/j.cell.2010.11.055 BioUnalm
... Read more »
Stephens, P., Greenman, C., Fu, B., Yang, F., Bignell, G., Mudie, L., Pleasance, E., Lau, K., Beare, D., & Stebbings, L. (2011) Massive Genomic Rearrangement Acquired in a Single Catastrophic Event during Cancer Development. Cell, 144(1), 27-40. DOI: 10.1016/j.cell.2010.11.055
by David Castro in BioUnalm
En 1920 se describió un extraño fenómeno. Cuando el escarabajo japonés (Popillia japonica) comía uno o dos pétalos de las flores del geranio (Pelargonium x hortorum), quedaba completamente paralizado al cabo de unos pocos minutos. Pero ¿a qué se debía?… Después de 90 años, esta pregunta puede ser contestada gracias al trabajo realizado por científicos estadounidenses liderados por el Dr. Christopher M. Ranger, de la Universidad Estatal de Ohio. Para resolver este enigma, Ranger et al. decidió identificar la molécula responsable de paralizar al escarabajo. Así que los pétalos de las flores fueron puestos en una solución de Metanol:Agua (3:1) para liberar todas los compuestos presentes en él. Luego, este extracto fue sometido a una cromatografía para separar las moléculas en función a su naturaleza química. La cromatografía arrojó ocho fracciones diferentes, de las cuales una tenía el 24% y la otra el 100% de la actividad paralizante. Pero, ¿cómo sabían que fracción era la que tenía la sustancia paralizante? Para saber esto, cada fracción obtenida fue embebida en una bolita de agar que se le dio al escarabajo para que se la coma. Si el escarabajo quedaba paralizado, quería decir que esa bolita contenía la fracción con la sustancia química paralizante. Luego, usando otras técnicas cromatográficas más potentes —el HPLC y el HILIC-HPLC— lograron separar tres componentes de la fracción que tenía el 100% de la actividad paralizante. De los tres componentes separados, uno de ellos era el responsable de esta actividad. Así que para identificar su estructura química se le sometió a un análisis de espectrometría de masas de alta resolución (HR-MS) y a una resonancia magnética nuclear (NMR). Los resultados arrojaron que se trataba de un aminoácido extraño llamado ácido L-quiscuálico (C5H7N3O5), el cual es el más potente antagonista de los receptores de aminoácidos excitatorios. Por esta razón, el ácido L-quiscuálico actúa como un antagonista del ácido L-glutámico que es un importante neurotransmisor de las conexiones neuromusculares de los insectos. Su acción despolarizante es más potente que la del ácido L-glutámico, y su efecto paralizante también se observa en los gusanos de la harina y las cucarachas, lo que sugiere que puede ser usado para el manejo y control de plagas. Si bien en el laboratorio los escarabajos se recuperan de la parálisis después de 24 horas, esto no es nada bueno si están en la naturaleza, ya que será una presa fácil para cualquier depredador. Otra cosa interesante del artículo es que, hasta ahora, sólo se había encontrado este aminoácido en un género de plantas, las Quisqualis, donde una de sus especies es usada en la medicina tradicional china para combatir la ascariasis. Referencia: Ranger, C., Winter, R., Singh, A., Reding, M., Frantz, J., Locke, J., & Krause, C. (2011). Rare excitatory amino acid from flowers of zonal geranium responsible for paralyzing the Japanese beetle Proceedings of the National Academy of Sciences DOI: 10.1073/pnas.1013497108 BioUnalm
... Read more »
Ranger, C., Winter, R., Singh, A., Reding, M., Frantz, J., Locke, J., & Krause, C. (2011) Rare excitatory amino acid from flowers of zonal geranium responsible for paralyzing the Japanese beetle. Proceedings of the National Academy of Sciences. DOI: 10.1073/pnas.1013497108
by David Castro in BioUnalm
¿Qué relación puede tener volverse entomófagos con el calentamiento global? Un interesante estudio publicado en la revista PLoS ONE revela que los insectos pueden ser una forma alternativa de producir proteína animal de manera amigable con el ambiente, ya que las cantidades de gases de efecto invernadero (GEI) generados por kilogramo de biomasa, son mucho menores a los generados por las fuentes tradicionales de carne: las reses o los chanchos. Los principales gases de efecto invernadero son: el CO2, el metano (CH4) y el óxido nitroso (N2O); siendo los dos últimos los más potentes, ya que su efecto invernadero es 25 y 298 veces superior al CO2, respectivamente. La cantidad de GEI generado por la ganadería asciende al 18% del total de GEI de origen antropogénico; del cual el 9% corresponde a CO2 (producción de fertilizantes para los cultivares destinados a su alimentación, energía requerida para mantener la granja, transporte, procesamiento de la carne, etc.), del 35 – 40% al CH4 (generado por las bacterias que habitan en los intestinos de las reses y el estiércol producido), y el 65% al N2O (generado por la transformación bacteriana del NH3 y urea presente en el estiércol y la orina). No se considera el CO2 generado en la respiración del ganado porque ese CO2 fue asimilado del ambiente por las plantas que le sirvieron de alimento. Ese CO2 completa su ciclo. Estos animales, por ser endotermos (de sangre caliente), requieren grandes cantidades de energía para poder mantener su temperatura corporal. Es por esta razón que el alimento consumido por el animal no es destinado únicamente a su crecimiento. En cambio los insectos, al ser poiquilotermos, no usan su metabolismo para mantener su temperatura corporal, así que todo el alimento consumido lo destinarán para crecer y reproducirse. De esta manera, kilo por kilo, los insectos generarían menor cantidad de GEI. Fue así que Oonincx et al. decidieron comparar la eficiencia de conversión del alimento analizando la cantidad de GEI generados por cantidad biomasa producida de cinco insectos: el gusano de la harina (Tenebrio molitor), los grillos (Acheta domesticusi), el saltamontes o langostas (Locusta migratoria), el escarabajo de las flores (Pachnoda marginata) y la cucaracha argentina (Blaptica dubia); con respecto al ganado porcino y vacuno. De los cinco insectos analizados, cuatro de ellos mostraron resultados bastante alentadores. En ellos, la cantidad de GEI generados fue menor con respecto al ganado porcino y llegó a alcanzar sólo el 1% generado por los rumiantes. Lo mismo ocurrió con los niveles de NH3. Este estudio sugiere que los insectos podrían ser una fuente de alternativa de alimento ambientalmente amigable en función a las emisiones de GEI y el NH3. Además, muchos estudios demuestran las bondades alimenticias de los insectos, y por si fuera poco, se estima que hay al menos 1,400 especies de insectos que son usados como alimento en distintas partes del mundo. Sin embargo, es bastante difícil que nos convirtamos de la noche a la mañana en entomófagos, si hasta el mismo Bear Grylls sufre al comer insectos, a pesar de hacerlo muy a menudo, imagínense lo que sería para nosotros. Aunque si estos insectos son procesados de tal manera que tengan una apariencia y sabor bastante agradables, no estaríamos lejos de cambiar nuestros hábitos alimenticios. Tal vez podría ser usada como una buena estrategia para combatir la desnutrición en muchas regiones del mundo. Así que este pequeño estudio puede ser bastante alentador y motivará a que se investigue si a gran escala estos valores se pueden mantener, ya que no es lo mismo analizarlo en un laboratorio, con todo controlado, que en una granja de producción. Referencia: Oonincx, D., van Itterbeeck, J., Heetkamp, M., van den Brand, H., van Loon, J., & van Huis, A. (2010). An Exploration on Greenhouse Gas and Ammonia Production by Insect Species Suitable for Animal or Human Consumption PLoS ONE, 5 (12) DOI: 10.1371/journal.pone.0014445 BioUnalm
... Read more »
Oonincx, D., van Itterbeeck, J., Heetkamp, M., van den Brand, H., van Loon, J., & van Huis, A. (2010) An Exploration on Greenhouse Gas and Ammonia Production by Insect Species Suitable for Animal or Human Consumption. PLoS ONE, 5(12). DOI: 10.1371/journal.pone.0014445
by David Castro in BioUnalm
A quien no le ha gustado hacer burbujas de jabón cuando eran niños, soplando a través de un resorte doblado en forma de anillo. A esa edad nos parecía muy divertido. Pero, recuerdan que cuando la luz incidía sobre las burbujas se podía apreciar un patrón de colores sobre ella, como si se formaran diminutos arcoíris de formas extravagantes, el mismo efecto que se aprecia una de las caras de los CDs. A este efecto se le conoce como iridiscencia. En los insectos también es común ver la iridiscencia. Por ejemplo, en los cuerpos de los escarabajos, en el abdomen de algunas moscas, sobre todo en aquellas que tienen colores metálicos. Pero, sin han sido más observadores y han visto alguna vez las alas de las moscas, o de las avispas, o de las libélulas, se habrán dado cuenta que son transparentes, sin embargo, cuando están en un fondo oscuro y la luz incide sobre ellos se generan patrones de colores similares al producido por la iridiscencia. Así como en la figura: Sin embargo, Ekaterina Shevtsova del departamento de biología de la Universidad de Lund (Suecia), demostró que este patrón de colores no era producto de la iridiscencia sino que este patrón era conservado de acuerdo a cada taxón, el cual era visible y estable a diferentes ángulos de visión. (En la iridiscencia, los patrones de color varían de acuerdo al ángulo de visión). Shevtsova et al. analizaron las alas transparentes de dos tipos de insectos pequeños: las moscas de la fruta (Dípteras) y de unas avispas diminutas conocidas como calcidoideos (Himenóptera). Las alas de estos insectos están compuestos de dos películas finas de quitina, las cuales dejan pasar el 80% de la luz a través de ellas, mientras que el otro 20% son reflejadas (Índice de refracción = 1.57). Como las alas poseen una topografía determinada, donde habrá zonas más gruesas que otras, la interferencia de los colores reflejados será diferente. En las regiones onduladas (B y D) la reflexión será mayor mientras que en las regiones más lizas (E) la reflexión será menor. Es gracias a esta topografía que los patrones de colores permanecen estables a diferentes ángulos, formando un patrón no iridiscente. El patrón de colores también está sujeto a la presencia o no de pigmentos en las alas. Como los pigmentos absorben la luz, en esas regiones no habrá reflexión y no se observará un patrón de colores determinado, sólo una mancha oscura. Así que la topografía de las alas dependerá del grosor, la presencia de regiones onduladas y lizas, la presencia de pequeñas vellosidades llamadas microtriquias, la disposición de las venas, la presencia de pigmentos, etc. Además, como las topografías de las alas son diferentes en cada especie, los patrones también lo serán. Por ejemplo, todas las alas de la figura anterior pertenecen al grupo de las Drosophilas, miden entre 1.5 a 3.5mm, y cada uno corresponde a una especie diferente. Como pueden ver, se podría identificar a una especie en base al patrón de sus colores. Los científicos le dieron el nombre de WIP (Wing Interference Pattern = Patrón de Interferencia de las Alas). El WIP tiene un uso potencial en la identificación de especies, como por ejemplo, en las mariposas, donde se conocen al menos unas 17,000 especies, las cuales son identificadas principalmente en base a la forma y colores de las alas. El WIP podría llegar a usarse como un carácter taxonómico, sobre todo en las especies crípticas (especies extremadamente similares, imposibles de distinguir a nivel morfológico). Además, el WIP también puede presentar diferencias dentro de una misma especie, en función a su distribución geográfica, ya que las diferentes condiciones climáticas pueden afectar la topografía de las alas para poder adaptarse a su entorno, esto podría variar el WIP. También puede usarse para estudios evolutivos, para ver si afectan los comportamientos durante el cortejo y la elección de la pareja adecuada. Las alas son unas estructuras sumamente complejas y se sabe muy poco acerca de su evolución y los principales factores envueltos en ello. Así que ahora quedaría analizar el WIP de otros grupos de insectos. No es un trabajo muy complicado y podría hacerse en nuestro país, donde tenemos una gran variedad de especies de mariposas y otros insectos exóticos. Referencia: Shevtsova, E, Hansson, C, Janzen, DH, & Kjærandsen, J. (2011). Stable structural color patterns displayed on transparent insect wings. PNAS. DOI: 10.1073/pnas.1017393108 Si el link no funciona prueba AQUÍ. BioUnalm
... Read more »
Shevtsova, E, Hansson, C, Janzen, DH, & Kjærandsen, J. (2011) Stable structural color patterns displayed on transparent insect wings. PNAS. info:/10.1073/pnas.1017393108
by David Castro in BioUnalm
El origen evolutivo de las plantas con flores, más conocidas como las Angiospermas, ha sido uno de los más grandes misterios sin resolver de la biología, ya que es inexplicable como se empezaron a diversificar —en cientos de miles de especies— pocos millones de años después de su súbita aparición, hace 130 millones de años. Pero, para poder entender esto, primero debemos saber cómo se originaron y evolucionaron las flores. Las plantas que producen semillas a partir de la maduración del óvulo son dos: las angiospermas (plantas con flores) y las gimnospermas (plantas sin flores), siendo las últimas las más antiguas. Las flores están compuestas de un perianto (sépalos y pétalos) que cubre los órganos reproductivos (estambres y carpelos). Los órganos reproductivos de las angiospermas son considerados homólogos funcionales con los microsporófilos y macrosporófilos de los conos de las gimnospermas, sin embargo, no se conocen precursores evolutivos para los pétalos y sépalos. Muchos estudios realizados en las bases moleculares del desarrollo de las flores en A. thaliana han permitido conocer como se da este mecanismo. Los científicos han demostrado que los órganos florales pueden ser transformados unos en otros, dependiendo de los genes que se están expresando. El modelo ABCE es el más aceptado (Figura 1). Este modelo dice que sépalos son producidos cuando la función de A actúa sola, cuando se superpone la función de B se forman los pétalos. Cuando la función de C se superpone a B se forman los estambres y cuando la función de C actúa sola se forman los carpelos. En el caso de la planta modelo A. thaliana, A está formado por los genes APETALA1(AP1) y APETALA2 (AP2), B por los genes APETALA3 (AP3) y PISTILLATA (PI) y E, que interactúa con los genes ABC está formado por el grupo de genes conocidos como SEPALLATA. Como las gimnospermas tienen órganos reproductores homólogos a los estambres y estaminodios, pero no tienen ni pétalos, ni sépalos, o alguna estructura que cubra los órganos reproductores, la función de B y C estaría presente en el ancestro común de todas las plantas con semillas. Entonces, el cambio de función de B y la adquisición de nuevas funciones de A sería la clave para entender como evolucionaron las flores y explicar la rápida diversificación de las angiospermas. Chanderbali et al. llevaron a cabo un análisis comparativo, pero no a nivel genético, sino transcriptómico, o sea, a nivel de los genes que se están expresando en un determinado momento, para así poder entender como se relacionan y superponen las funciones de los genes encargados de la diferenciación de los órganos florales en gimnospermas y angiospermas. Para ello usaron cinco especies de plantas: una planta acuática perteneciente a las Ninfeáceas (un linaje hermano a las angiospermas existentes excepto Amborella), el palto (perteneciente a las Magnoliidae), una amapola de California y una A. thaliana (pertenecientes a las dicotiledóneas verdaderas) y una cica (perteneciente a las gimnospermas). La figura muestra en círculo a los cinco representantes tomados en el estudio, abarcando toda la línea evolutiva de las plantas con semillas. Los investigadores observaron que el proceso de formación de los carpelos y estambres es homólogo en todas las angiospermas. Esto quiere decir que el desarrollo de los órganos reproductores de las plantas con flores funciona de la misma manera en todas. La diferencia radica en los genes que usan, si bien son diferentes entre una y otra especie, las funciones que cumplen son las mismas (homólogos). Por otro lado, el proceso de formación de los pétalos y sépalos fue igual sólo en las dicotiledóneas verdaderas (A. thaliana y la amapola de California) pero no en el palto y la planta acuática ya que los órganos internos y externos del perianto de estas plantas, que deberían diferenciarse en sépalos y pétalos, no lo hacen y forman órganos morfológicamente similares llamados tépalos. Sin embargo, el perfil transcriptómico de la formación del tépalo estaba más relacionado con las funciones de formación de los sépalos de las dicotiledóneas verdaderas, que con cualquier otro órgano floral. Analizando a mayor profundidad los agrupamientos en base a los perfiles transcriptómicos, la formación del sépalo/tépalo estaba más relacionado a la formación de los estambres, mientras que la formación de los pétalos estaba más relacionado con la formación de los carpelos. Ahora, para completar el estudio, se compararon los perfiles transcriptómicos de las plantas con flores con los perfiles de los conos de las gimnospermas, las cuales carecen de sépalos, pétalos o tépalos. Al hacer el análisis comparativo, se vio que los conos masculinos se agruparon más cerca a la formación de los sépalos/tépalos, mientras que los conos femeninos estaban más relacionados con la formación de los carpelos. Entonces de estos resultados podemos concluir que, las flores evolucionaron a partir de un precursor BC que se originó en las gimnospermas, las cuales si tenían diferenciados los órganos sexuales masculinos y femeninos pero no poseen estructuras que los envuelvan y protejan. Luego, ocurrió un proceso intermedio llamado “desvanecimiento de fronteras” donde el desarrollo de los órganos florales estaba bajo el control de “ABc"”, “aBC” y “abC”, donde la letra minúscula indica la función menos expresada. Este mecanismo permitió la formación de órganos de cobertura primitivos como petaloides (tépalos). Finalmente, se formó un sistema ABCE estricto, donde la diferenciación de los sépalos y pétalos esta estrictamente regulado por la función de B, aunque los dos estén influenciados por la función de A. Del mismo modo, la formación de los estambres y carpelos está estrictamente regulado por B aunque requiere de la influencia de la función de C. Si bien se logró explicar bien el modelo de formación de órganos florales ABCE, aún no nos da muchas pistas de porqué la diversificación de las angiospermas fue tan rápida y tan extravagante, sin embargo, vemos que el mecanismo que regula la formación de los órganos florales están muy interconectados, si cambiamos o mutamos uno de los g... Read more »
Chanderbali, A., Yoo, M., Zahn, L., Brockington, S., Wall, P., Gitzendanner, M., Albert, V., Leebens-Mack, J., Altman, N., Ma, H.... (2010) Conservation and canalization of gene expression during angiosperm diversification accompany the origin and evolution of the flower. Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(52), 22570-22575. DOI: 10.1073/pnas.1013395108
by David Castro in BioUnalm
La fermentación microbiana del almidón de maíz o del azúcar de la caña ha sido, por mucho tiempo, la mejor forma de obtener etanol para ser usado como biocombustible. Sin embargo, estos dos cultivares también son destinados para el consumo humano, generando una competencia entre la alimentación y los combustibles renovables. Fue así que, muchos investigadores se les ocurrió la idea de usar los residuos dejados por la industria agrícola (hojas, tallos, paja, turba, pulpa de madera, aserrín, etc.) como buenos sustratos para la producción de biocombustibles. Pero, a diferencia del almidón o el azúcar, que al hidrolizarse generan puras hexosas (azúcares de seis carbonos como la glucosa), que pueden entrar directamente al metabolismo fermentativo; los residuos agrícolas están compuestos de celulosa y hemicelulosa, principales componentes de las paredes celulares de las plantas. Estos compuestos deben someterse a tratamientos previos para así poder generar azúcares fermentables. La celulasa —una enzima que está presente en algunas bacterias y hongos— hidroliza la celulosa cortándola en pequeñas moléculas conformadas dos glucosas unidas llamada celobiosa. Luego, la celobiosa debe ser cortada por la mitad para generar las glucosas que entrarán al metabolismo fermentativo, esta corte es realizado por la enzima β-glucosidasa. Sin embargo, la hemicelulosa está conformada por una mezcla heterogénea de azúcares de 5 y 6 carbonos. Cuando es sometida a un pre-tratamiento con ácidos genera xilosas y arabinosas (azúcares de 5 carbonos), los cuales no pueden ser fermentados por los organismos usados industrialmente. Además, la presencia de estas pentosas puede alcanzar el 30% de los azúcares totales de la biomasa vegetal, reduciendo el rendimiento de producción de etanol. El organismo más usado en los procesos fermentativos es la levadura Saccharomyces cerevisiae, la cual no puede fermentar la xilosa por no tener una vía de asimilación para este azúcar. Sin embargo, las cepas silvestres de S. cerevisiae y otras como Pichia stipitis lo pueden hacer gracias a las enzimas que tienen. Al insertar los genes que codifican estas enzimas en las cepas mejoradas de S. cerevisiae se logró fermentar la xilosa pero los rendimientos fueron muy bajos. Esto se debe a que cuando los niveles de etanol en el medio de fermentación alcanzan un determinado porcentaje, las levaduras empiezan a inactivarse y morir. De manera natural, las levaduras silvestres no soportan más de ~7% de etanol en el medio pero, gracias a la ingeniería genética, se ha logrado aumentar este umbral hasta 15%. Sin embargo, cuando se tiene en un medio de fermentación una mezcla de glucosa y xilosa, la levadura preferirá asimilar y fermentar primero la glucosa, y cuando ésta se agote, la concentración de etanol será tan alta que la fermentación de la xilosa será menos eficiente, bajando el rendimiento de producción. A esto se le llama represión por glucosa. La glucosa reprime el ingreso de la xilosa para ser fermentada (Figura B). Es como si te dieran a escoger entre una pizza y un plato de locro de zapallo. Primero te comerás la pizza, y cuando llegues al locro, estarás tan lleno que ya no te lo terminarás. Entonces, una estrategia para aumentar el rendimiento de producción de etanol en medios de fermentación mixtos sería inactivando el mecanismo de represión por glucosa, para que tanto la xilosa como la glucosa sean fermentados al mismo tiempo. Una estrategia sería cofermentar la celobiosa y la xilosa al mismo tiempo, de esta manera se supera la represión por glucosa. Sin embargo, para que esto proceda, la cepa de S. cerevisiae debe tener —a parte de los genes necesarios para la fermentación de xilosa— un transportador de celobiosa y una β-glucosidasa. Fue así que Suk-Jin Ha y colaboradores de la Universidad de Illinois y Berkeley insertaron el gen de un transportador de celobiosa y el gen de una β-glucosidasa intracelular de Nuerospora crassa, así como los genes de fermentación de xilosa de Pichia stipitis a S. cerevisiae, consiguiendo que la levadura pueda fermentar xilosa y celobiosa al mismo tiempo (Figura A y C). Los resultados fueron publicados hoy en PNAS. Se ve bastante sencillo no?… Tomar un poquito de Neurospora y un poquito de Pichia, para generar una levadura capaz de fermentar celobiosa y xilosa. La ingeniería genética hace que esto se vea sencillo, pero no es así. Si bien se logró producir etanol en lotes de fermentación mixtos, los rendimientos obtenidos (Figura 2B) no fueron mayores a los que se obtiene a partir del almidón o el azúcar, sin embargo, si fue superior al obtenido usando medios de fermentación sólo con xilosa (Figura 2A)o sólo con celobiosa (Figura 2C) en el mismo periodo de tiempo. Además, también fueron superiores a los obtenidos cuando se usan cultivos mixtos de glucosa y xilosa. Lo principal fue que se logró aliviar la represión por glucosa, ya que la xilosa también usa el transportador de glucosa para entrar a las células, pero no es tan eficiente como la glucosa, por eso se ve obstaculizado su ingreso a la célula cuando hay glucosa en el medio. Pero, cuando la celobiosa se degrada dentro de la célula y no afuera, la glucosa ya no bloqueará el ingreso de la xilosa a través de los transportadores, y los dos azúcares se encontrarán presentes dentro de la célula al mismo tiempo, facilitando su fermentación. Sin dudas es un gran avance en la producción de etanol a partir de los desechos de la industria agrícola. Aunque, el aumento en el rendimiento y productividad es significativo —comparado con otros tipos de cepas cofermentadoras— aún no es comparable a los obtenidos de la fermentación del almidón y el azúcar. Pero usando las herramientas proporcionadas por la ingeniería genética y la biotecnología, dentro de unos años será común la producción de biocombustibles y sus derivados a partir de residuos celulósicos, y se empezarán a consolidar las biorefinerías. Referencia: Suk-Jin Ha, Jonathan M. Galazka, Soo Rin Kim, Jin-Ho Choi, Xiaomin Yang, Jin-Ho Seo, N. Louise Glass, Jamie H. D. Cate, & Yong-Su Jin (2010). Engineered Saccharomyces cerevisiae capable of simultaneous cellobiose and xylose fermentation PNAS : 10.1073/pnas.1010456108 BioUnalm... Read more »
Suk-Jin Ha, Jonathan M. Galazka, Soo Rin Kim, Jin-Ho Choi, Xiaomin Yang, Jin-Ho Seo, N. Louise Glass, Jamie H. D. Cate, & Yong-Su Jin. (2010) Engineered Saccharomyces cerevisiae capable of simultaneous cellobiose and xylose fermentation. PNAS. info:/10.1073/pnas.1010456108
by David Castro in BioUnalm
Todos sabemos que los chocolates se hacen a partir de las semillas del cacao (Theobroma cacao). Esta planta es endémica de las selvas de Sudamérica y fue domesticada hace unos 3,000 años, siendo la variedad “Criollo” con el que se hace los chocolates más finos del mundo. Sin embargo, por ser “fino” es más sensible a las enfermedades y los parásitos, es por esta razón que muy pocos cultivan esta variedad, ya que los rendimientos de producción son bajos, y los únicos compradores son las chocolaterías más exclusivas; además el cacao fino sólo abarca el 5% del mercado total del cacao. Fue así que nació un cacao híbrido, el cual le permite tener un mayor vigor y resistencia. A esta variedad se le llama el “Trinitario” que, actualmente, es la variedad más cultivada. Aún así, de las más de 3.7 millones de toneladas de cacao producidos al año, se pierde ~30% a causa de los insectos y las enfermedades. Conocer a fondo el genoma de esta especie, ayudará a mejorar la industria del cacao, se podrá superar los problemas que generan las plagas y enfermedades, aumentando el rendimiento y producción del cacao fino, y al final los consumidores serán los beneficiados al comer chocolates más ricos y menos costosos. Fue así que el Consorcio Internacional del Secuenciamiento del Genoma del Cacao, liderados por el Dr. Xavier Argout secuenciaron el genoma del cacao más fino, la variedad “Belizean Criollo” (cacao de Belice), este por ser altamente homocigótico, lo cual facilita mucho un trabajo de secuenciamiento, ya que sólo tendrá una copia de cada gen. El primer borrador del genoma del cacao —al 76%— fue publicado hoy en la revista Nature Genetics. De manera sencilla, el cacao es una planta diploide (2n), su genoma está dividido en 10 cromosomas (n=10) y mide ~430Mb. Usando poderosas técnicas de secuenciamiento se ha logrado una cobertura de 16.7X (o sea, se tienen 16.7 x 430Mb = 7.181Gb de información), con el cual se pudo ensamblar ~327Mb del genoma (~76%). El genoma del cacao presenta una gran cantidad de elementos transponibles (secuencias de ADN con la capacidad de “saltar” de un lugar a otro) que representa el 24% del genoma ensamblado, sin embargo, es relativamente bajo con respecto a otras plantas cultivables como el arroz (35%), la uva (41.4%) y ni hablar del maíz (85%). Usando herramientas predictivas, el cacao posee aproximadamente 29,000 genes, con una longitud promedio de 3,346pb y 5.03 exones, que es el número de fragmentos de un gen que llega a expresarse. Comparado con el genoma de la planta modelo, Arabidopsis thaliana, posee un gran número de genes putativos, y comparándolo además con los genomas de la uva, soya y el álamo, el cacao posee ~2000 genes únicos (ver Figura). El cacao además posee gran cantidad de genes relacionados con procesos metabólicos y celulares. Esto podría explicar la gran cantidad de metabolitos secundarios que produce esta planta. También se encontraron 83 microARNs (pequeñas secuencias de ARN que regulan la expresión de determinados genes) y 91 sitios de unión de estos microARN. En cuanto a genes de resistencia, se encontró representantes del tipo RPK y LRR que actúan protegiendo a la planta de enfermedades producidas por hongos y ascomicetos. También se encontró genes de resistencia NBS que permite hacer frente contra ciertos patógenos y representantes de la familia NPR que está involucrado con las señales de transducción de defensa de la planta. Las semillas del cacao, una vez recolectadas, pasan por un proceso de fermentación, secado y transformado en pasta de cacao (amasando y descascarando las semillas), en mantequilla de cacao (almacenamiento en lípidos de las células cotiledonares del endospermo) o en polvo de cacao (desengrasando la masa que posee principalmente las paredes celulares y mezclándola con almidón, el endospermo de las semillas, y otros metabolitos derivados del cacao, para dar el aroma y el sabor). Así que las enzimas responsables de producir los metabolitos secundarios deben ser ubicados para mejorar la calidad del chocolate. El genoma del cacao mostró una gran cantidad de enzimas involucradas con la síntesis de lípidos, flavonoides (que actúan como antioxidantes), proantocianinas (buenos para el sistema cardiovascular humano, anticancerígeno y neuroprotector) y terpenoides (componente de resinas, aceites esenciales y aromas). Bueno, este es un claro ejemplo que diversos campos de la industria pueden impulsar las investigaciones en genómica, no sólo las empresas agrícolas o farmacéuticas, también la textil, la alimenticia, la electrónica, etc. Este estudio permitirá mejorar la calidad de los derivados del cacao, aumentar los rendimientos de producción de la variedad más fina y reducir las pérdidas debido a enfermedades y plagas. Referencia: Argout, X., Salse, J., Aury, J., Guiltinan, M., Droc, G., Gouzy, J., Allegre, M., Chaparro, C., Legavre, T., Maximova, S., Abrouk, M., Murat, F., Fouet, O., Poulain, J., Ruiz, M., Roguet, Y., Rodier-Goud, M., Barbosa-Neto, J., Sabot, F., Kudrna, D., Ammiraju, J., Schuster, S., Carlson, J., Sallet, E., Schiex, T., Dievart, A., Kramer, M., Gelley, L., Shi, Z., Bérard, A., Viot, C., Boccara, M., Risterucci, A., Guignon, V., Sabau, X., Axtell, M., Ma, Z., Zhang, Y., Brown, S., Bourge, M., Golser, W., Song, X., Clement, D., Rivallan, R., Tahi, M., Akaza, J., Pitollat, B., Gramacho, K., D'Hont, A., Brunel, D., Infante, D., Kebe, I., Costet, P., Wing, R., McCombie, W., Guiderdoni, E., Quetier, F., Panaud, O., Wincker, P., Bocs, S., & Lanaud, C. (2010). The genome of Theobroma cacao Nature Genetics DOI: 10.1038/ng.736 BioUnalm... Read more »
Argout, X., Salse, J., Aury, J., Guiltinan, M., Droc, G., Gouzy, J., Allegre, M., Chaparro, C., Legavre, T., Maximova, S.... (2010) The genome of Theobroma cacao. Nature Genetics. DOI: 10.1038/ng.736
by David Castro in BioUnalm
Ya hemos mencionado anteriormente lo que es una planta transgénica. Por si no lo recuerdan, son aquellas a las que les han incorporado un gen de una especie diferente, el cual les da algún tipo de ventaja adaptativa que les permite contrarrestar el efecto negativo de las condiciones adversas del entorno (plagas, sequías, heladas, enfermedades, etc.). Hay muchas plantas transgénicas, todas con gran importancia económica, tales como el maíz, la soya, el algodón y la canola. El principal uso que se les da a las plantas transgénicas es mejorar el rendimiento de los cultivos a través de la reducción de las pérdidas debido a estos factores adversos. Sin embargo, tal como una bacteria patógena adquiere resistencia a los antibióticos después de un determinado tiempo, los insectos también pueden adquirir resistencia a las toxinas producidas por una planta transgénica. Hace un par de meses vimos el caso del Maíz BT en EEUU, el cual beneficiaba tanto a los agricultores de maíz transgénico como a los de no-transgénico, todo gracias a la estrategia impulsada por la Agencia de Protección Ambiental de los Estados Unidos (EPA), la cual exige a los agricultores que usen transgénicos a tener parcelas del mismo cultivar pero no-transgénico a no más de 800m de distancia. Esto para reducir la enorme presión selectiva que ejerce el cultivar transgénico sobre los insectos. La base científica de esta técnica consiste en que al tener los insectos un refugio de plantas no-transgénicas, no desarrollarán resistencia alguna, pero si podrán aparearse con aquellas que lleguen a adquirir la resistencia a la toxina. Como las resistencias se adquieren mediante las mutaciones, estas suelen ser recesivas. Así que cuando un insecto resistente se cruce con uno susceptible, el alelo que le da la resistencia – por ser recesivo – no se expresará y no llegará a fijarse en la población. De esta manera, al tener un refugio de insectos susceptibles se reduce la presión selectiva ejercida por las plantas transgénicas. Sin embargo, este método para controlar la emergencia de insectos resistentes a la toxina depende mucho de la buena fe de los agricultores para disponer parte de su área de cultivo a un refugio de no-transgénicos. Por ejemplo, este año en la India se detectó un insecto – el gusano rosado – que había adquirido resistencia al algodón Bt, esto porque en la India los agricultores no acostumbran a tener refugios. Los refugios, sin dudas, disminuyen el rendimiento del cultivo por hectárea, y si un agricultor opta por los transgénicos es para aprovechar al 100% su terreno. Fue así que Tabashnik et al. diseñaron una nueva estrategia para controlar la emergencia de insectos resistentes a los transgénicos. La estrategia consiste en liberar en los campos de cultivo insectos que sean estériles, los cuales no podrán dejar descendencia, así que si aparece algún alelo de resistencia, por más que éste sea dominante, no llegará a fijarse en la población. El algodón Bt fue introducido en el año 1996 y actualmente abarca más de 200 millones de hectáreas de cultivo en el mundo. Desde su introducción hasta el año 2005, la susceptibilidad del gusano rosado al transgénico se ha mantenido constante en EEUU, esto gracias al uso de los refugios. Usando modelos computacionales, Tabashnik observó que al liberar un número suficiente de insectos estériles que reduzcan las probabilidades de que dos insectos resistentes lleguen a aparearse, la susceptibilidad al transgénico no se reducirá por lo menos en los siguientes 20 años, tal como si se dedicara un 20% de los terrenos de cultivo a los refugios. Entonces, según los modelos computacionales, el aumento en el porcentaje del terreno de cultivo dedicado al refugio así como el aumento de los insectos estériles, reducen las probabilidades que aparezcan insectos resistentes. Como la estrategia se vio prometedora en los modelos computacionales, en el 2006 decidieron aplicarlo en los campos de cultivo de algodón Bt de Arizona, donde a los agricultores se les permite sembrar el transgénico hasta en el 100% de sus áreas de cultivo. Antes de aplicar esta estrategia, los refugios de algodón no-transgénico en Arizona ocupaban el ~37% del total del área de algodón sembrado. A partir del 2006 el porcentaje bajó considerablemente, hasta llegar solo al ~3% en el 2009. Como era de esperarse, la susceptibilidad de los insectos al algodón Bt no disminuyó entre el 2006 y el 2009 donde el promedio de áreas dedicadas a los refugios sólo era de ~7%, comparado con el 37% entre 1996 y el 2005. Pero, ¿qué mutaciones dan la resistencia al algodón Bt? Los insectos resistentes a la toxina Bt tenían tres tipos de mutaciones en el gen de la cadherina. Entre 1996 y el 2005, la frecuencia de estos alelos de resistencia se redujeron considerablemente, y entre el 2006 y el 2009 se mantuvieron así, llegando a ser prácticamente cero. Y además, esta estrategia – que en realidad es un programa de erradicación – ha logrado obtener sus frutos ya que en el 2009, sólo se encontraron dos larvas del gusano rosado en 16600 cápsulas de algodón no transgénicas estudiadas. La tasa de infestación pasó del 15% en el 2005 a sólo el 0.012% en el 2009. Lo mismo ocurrió con la captura en trampas del gusano rosado del algodón que cayó de ~27 por semana en el 2005 a sólo 0.0054 por semana en el 2009. En ambos casos hubo una reducción mayor al 99.9%. Como cayó el número poblacional del gusano rosado del algodón, también se redujo el uso de pesticidas de manera considerable. Antes del 2006, el control de las plagas les costaba a los agricultores de algodón alrededor de 32 millones de dólares anuales, dos millones más de lo que les costó instaurar el programa de erradicación en todo Arizona y el norte de México. La reducción del uso de pesticidas también favoreció a los organismos indirectamente perjudicados por su uso, como los controladores biológicos naturales y los insectos no perjudiciales. Sin embargo – como siempre ocurre en estos casos – creemos tenerlo todo controlado porque no vemos de manera holística las interacciones que tiene un organismo con otro. Los ecosistemas siempre alcanzan un frágil equilibrio, basta que falte una pieza para que todo se desmorone como un castillo de naipes. Esta reacción en cadena no ocurre de un día para otro ni de un año para otro, así que no podemos percibirlo directamente. Al erradicar una especie, por más perjudicial que ésta sea, estamos rompiendo ese equilibrio. En mi opinión, al presente estudio le falta considerar estas variables, en que medida afecta la aplicación de este programa al equilibrio del ecosistema, a los organismos directa e indirectamente involucrados con ello, que efectos puede traer consigo la liberación de insectos estériles los cuales deben tener algún tipo de perturbación genómica o fisiológica para darles esta característica. Además, no se puede asegurar si esta estrategia puede funcionar de la misma manera en otra región. Creo que hay muchas variables más por analizar más que sólo la productividad, el rendimiento y la plata. Referencia: ... Read more »
Tabashnik, B., Sisterson, M., Ellsworth, P., Dennehy, T., Antilla, L., Liesner, L., Whitlow, M., Staten, R., Fabrick, J., Unnithan, G.... (2010) Suppressing resistance to Bt cotton with sterile insect releases. Nature Biotechnology, 28(12), 1304-1307. DOI: 10.1038/nbt.1704
by David Castro in BioUnalm
Todas las plantas necesitan de luz para vivir y harán todo lo posible por alcanzarla. Por ejemplo, en la selva, donde los gigantescos y frondosos árboles tapan toda la luz que pueda llegar al suelo, las plantas pequeñas – las más perjudicadas de todas – han desarrollado algunas estrategias para poder superar este inconveniente. Algunas “cambiaron de casa”, en vez de crecer en el suelo lo hacen en las ramas más altas de algunos árboles, como es el caso de las orquídeas. A este tipo de plantas se las llama epífitas. Otra estrategia bastante común es alargar sus tallos hasta alcanzar la fuente de luz. Este fenómeno lo puedes apreciar fácilmente en tu sala. Si tienes dos plantas cerca a tu ventana, una más grande y frondosa que la otra, y la pequeña la pones detrás de la grande, podrás observar que después de unos días la planta pequeña extenderá su tallo hasta poder alcanzar la luz, ya sea por encima de la planta más grande o por los costados. Pero, ¿cómo hacen las plantas para contrarrestar este efecto?. Científicos de la Universidad de Utrecht en Holanda y de la Universidad de Ruhr en Alemania estudiaron las bases moleculares de este comportamiento conocido como el síndrome de evitar la sombra. Lo principal en este proceso es la percepción de la intensidad y calidad de la luz. Todos sabemos que es la clorofila la molécula encargada de absorber la luz, especialmente las de longitud de onda del rojo y el azul – por eso vemos a las plantas de diferentes tonos de verde, ya que la longitud de onda de ese color no la absorben. Lo que no muchos saben es que la longitud de onda del color rojo oscuro (también conocido como rojo lejano) pasa a través de las hojas. Las plantas tienen la capacidad de detectar la proporción entre la luz roja y la luz roja oscura R:FR (RED:FAR RED), es más, esta tasa es usada por la planta para activar o apagar muchas vías metabólicas importantes en la fisiología vegetal. La expresión de muchas fitohormonas están reguladas por la R:FR. Por ejemplo, el fotoperiodo de una planta esta determinado por la R:FR, en los días largos del verano – con más de 12 horas de luz solar – la R:FR será mayor que en los días cortos del invierno, y de esta forma la planta podrá determinar el momento adecuado para florecer y ser polinizada. Entonces, cuando una planta más pequeña está bajo la sombra de una más grande, percibirá mayor cantidad de luz rojo oscura, así que la R:FR será menor de la normal. La planta responde ante este cambio ajustando su metabolismo, de esta manera el mecanismo de crecimiento y desarrollo de los tallos se activa gracias a la acción de las auxinas – que es la principal fitohormona envuelta en este proceso – y genera una respuesta hiponástica. Pero, no es tan fácil como parece. Primero debe formarse la auxina, luego transportarse al lugar indicado y finalmente ejercer su efecto mediante transducción de señales y así activar los genes de ciertas proteínas envueltas con el crecimiento y desarrollo del tallo. Keuskamp et al. primero determinaron si en realidad era la auxina la responsable del crecimiento. Para ello usaron la planta modelo Arabidopsis thaliana, la cual una de ellas era mutante para el gen del receptor de auxina (tir1) y otra fue sometida a un tratamiento con α-(feniletil-2-ona)-ácido indol acético (PEO-IAA), que es un antagonista de la auxina. En ambos casos, los hipocótilos no crecieron tanto como en los controles. Los mismos resultados se obtuvieron cuando mutaron a un gen responsable de la biosíntesis de la auxina (wei8) y cuando bloquearon al transportador de auxina PAT usando el ácido naftil-ftalámico (NPA). Si ven las gráficas se darán cuenta que los cambios más significativos se dan en ausencia de auxinas (B) y cuando el transportador era mutado (C). Los investigadores pusieron más atención al transporte de auxinas, ya que los dos primeros resultados eran esperados. ¿Qué tenía que ver el transporte de las auxinas en el crecimiento del tallo?. Keuskamp et al. hicieron una importante observación: cuando la planta era sometida a bajos niveles de R:FR, las auxinas se acumulaban en el tallo (F, G); pero cuando se bloqueaba el transportador de auxinas, ésta se acumulaba en la parte más lateral del hipocótilo (H, I). Entonces, los investigadores se dedicaron a buscar la proteína responsable del transporte de las auxinas desde las parte más laterales del hipocótilo hacia el tallo. Keuskamp et al. identificaron a la proteína transportadora de auxina PIN-FORMED 3 (PIN3) como la responsable de este proceso acumulativo. Usando técnicas cuantitativas de expresión genética (PCR en tiempo real), observaron que esta proteína se expresaba más cuando las tasas R:FR eran más bajas y lo hacían en la pared celular de las células endodermales, de esta manera las auxinas podían transportarse desde estas células hacia las células epidermales, que es donde ocurre el crecimiento del tallo. Cuando el gen pin3 era mutado, los hipocótilos no crecían tanto como en los controles. Tal vez se podría modificar esta proteína usando la ingeniería genética para que se exprese en condiciones normales de R:FR para así poder tener plantas más largas, sobre todo cuando lo importante de un cultivar son los tallos tales como las plantas forrajeras, y así producir más alimento para el ganado. Referencia: Keuskamp, D., Pollmann, S., Voesenek, L., Peeters, A., & Pierik, R. (2010). Auxin transport through PIN-FORMED 3 (PIN3) controls shade avoidance and fitness during competition Proceedings of the National Academy of Sciences DOI: 10.1073/pnas.1013457108 BioUnalm
... Read more »
Keuskamp, D., Pollmann, S., Voesenek, L., Peeters, A., & Pierik, R. (2010) Auxin transport through PIN-FORMED 3 (PIN3) controls shade avoidance and fitness during competition. Proceedings of the National Academy of Sciences. DOI: 10.1073/pnas.1013457108
by David Castro in BioUnalm
Hace algunos meses escribí sobre un artículo publicado por Douglas Theobald, quien hizo un estudio estadístico sobre la validez de la teoría del Ancestro Común Universal (UCA). Theobald usó 23 proteínas presentes en cuatro representantes de cada uno de los tres dominios de la vida (Arqueas, Bacterias y Eucarias) y con el uso tres pruebas estadísticas muy rigurosas, entre ellas el criterio de información de Akaike (AIC), demostró que la existencia de un UCA era 102680 (1 con 2680 ceros) veces más probable que el modelo de los ancestros múltiples. Sin embargo, T. Yonezawa de la Universidad de Fudan (Shanghái, China) y M. Hasegawa del Instituto de Matemática Estadística de Japón, mandaron una carta a Nature sobre sus apreciaciones acerca del trabajo de Theobald. Los investigadores asiáticos creen que el estudio hecho por Theobald no es lo suficientemente sólido como para desechar la hipótesis de los ancestros múltiples. Ellos usaron dos secuencias genéticas del ADN mitocondrial (cytb y nd2), las cuales no presentan ninguna homología –por no estar relacionados – y por lo tanto no comparten un ancestro común. Sin embargo, al hacer las mismas pruebas estadísticas que Theobald vieron que la hipótesis de que los dos genes compartían un ancestro común fue la aceptada, en base a los valores obtenidos de AIC. El modelo aceptado es aquel que tenga un menor valor de AIC. En este caso es del ancestro común ya que 10216<10271. Sin embargo, los dos genes no están relacionados ni presentan homologías. Yonezawa & Hasegawa creen que los resultados de Theobald no son concluyentes, ya que además no toma en cuenta la posibilidad de evolución convergente debido a la selección natural. Para los no muy conocedores del tema – de manera sencilla – la evolución convergente hace referencia a que dos organismos con líneas evolutivas completamente diferentes y distantes, pueden tener características similares, las cuales evolucionaron de manera paralela e independiente, sin la necesidad de un ancestro común entre ellas. Por ejemplo: El sistema de ecolocalización de los murciélagos se basa en una proteína llamada Prestina que se expresa en las células del pelo externo de sus orejas; este mismo sistema fue desarrollado por los delfines, que también tienen la proteína Prestina con una secuencia similar a la de los murciélagos, a pesar de ser dos especies completamente diferentes y distantes (evolutivamente hablando). La selección natural ha favorecido esta evolución convergente y los genes que codifican a estas Prestinas no tienen un mismo ancestro, sino ancestros independientes. [Current Biology, 20(2), R53-R54 (2010)]. Si Theobald hubiera considerado esto, tal vez la existencia de ancestros múltiples no hubiera podido ser descartada o la probabilidad de que ocurra no hubiera sido tan baja. Pero, Theobald no se queda callado y responde a Yonezawa & Hasegawa. Si bien está de acuerdo con que los modelos filogenéticos actuales no permiten introducir el efecto de la evolución convergente en sus análisis, lo que los investigadores asiáticos dicen sólo se cumplen para algunas proteínas. Por ejemplo, en las 23 proteínas que el usó para su estudio, todas las secuencias tienen una alta tasa de identidad (>55%) entre las especies representantes de los tres dominios. El grado de adaptación convergente necesario para producir miles de secuencias idénticas entre las 23 diferentes proteínas – producto de los múltiples ancestros – no se compara con la limitada convergencia a nivel molecular observada en ellas. Si bien son la selección natural y las condiciones biofísicas del entorno quienes pueden inducir a una correlación entre las secuencias, y no sólo la existencia de un ancestro común, Theobald dice que no necesariamente las proteínas con secuencias de aminoácidos idénticas o plegamientos y formación de estructuras terciarias similares cumplen las mismas funciones específicas. Hay muchos ejemplos de proteínas sin similaridad detectable en sus secuencias o plegamientos que cumplen las mismas funciones enzimáticas. Un claro ejemplo es la misma función que cumplen tres proteínas completamente diferentes: la subtilisina, tripsina y carboxipeptidasa, todas ellas proteasas (rompen enlaces peptídicos). Por otro lado, también hay muchos ejemplos de enzimas que tienen plegamientos y estructuras terciarias similares sin necesidad de tener secuencias idénticas. Con esto Theobald trata de decir que las secuencias requeridas para un determinado plegamiento, estructura terciaria y función es “casi” indiferenciable del azar y que algunas de las similaridades convergentes en las que se basa la hipótesis de los ancestros múltiples podría ser explicado también con el azar. En este último punto, personalmente, no estoy muy de acuerdo, ya que para mí el entorno biofísico y las relaciones químicas con las moléculas vecinas sí pueden influir en la presencia o no de un determinado aminoácido o guiar un determinado plegamiento, aunque este punto de vista reduccionista que tengo puede alejarse de la forma holística como debe verse la biología. En fin, Theobald reconoce que no ha probado todos los parámetros posibles para confrontar estas dos hipótesis y tampoco cree que su artículo es la “última palabra” sobre la existencia o no de un UCA, lo único que el resalta es las pruebas estadísticas sólidas que respaldan la mayor probabilidad de haber existido un UCA que múltiples ancestros. Referencias: Yonezawa, T., & Hasegawa, M. (2010). Was the universal common ancestry proved? Nature, 468 (7326) DOI: 10.1038/nature09482 Theobald, D. (2010). Theobald reply Nature, 468 (7326) DOI: 10.1038/nature09483 BioUnalm
... Read more »
Yonezawa, T., & Hasegawa, M. (2010) Was the universal common ancestry proved?. Nature, 468(7326). DOI: 10.1038/nature09482
Theobald, D. (2010) Theobald reply. Nature, 468(7326). DOI: 10.1038/nature09483
by David Castro in BioUnalm
Todos hemos crecido con una tabla periódica de los elementos químicos en la mano. En el colegio lo usábamos para resolver algunos problemas de estequiometria y en la universidad para poder preparar algunas soluciones. En los trabajos rutinarios de laboratorio, el peso atómico de un elemento es muy importante para poder calcular el peso de una molécula y así poder pesar la cantidad adecuada de un reactivo para preparar una solución con una determinada concentración. Ejemplo: Si me mandan a preparar 100ml de una solución 1 molar de glucosa (C6H12O6). Primero iré a mi tabla periódica y veré el peso atómico del carbono (12.011), luego del hidrógeno (1.0079) y finalmente del oxígeno (15.999). Entonces la molécula de glucosa pesará: (6 x 12.011) + (12 x 1.0079) + (6 x 15.999) = 180.1548. Entonces, tendré que pesar 18.01548gr de glucosa para disolverlo en la cantidad suficiente de agua para obtener 100ml. Claro que la mayoría no se complicará y pesará directamente 18gr. Sin embargo, si queremos hacer estudios metabólicos o ensayos químicos sumamente precisos, debemos cumplir con la mayor cantidad de decimales posibles para reducir el margen de error. Qué pasaría ahora si les digo que la IUPAC (Unión Internacional de Química Pura y Aplicada) – por primera vez en su historia – cambiará el pesó atómico de 10 elementos químicos, entre ellos el carbono, hidrógeno y oxígeno. Para algunos la mayoría, esto pasará inadvertido, pero para muchos científicos, principalmente los químicos analíticos y nanotecnólogos, esto será un gran acontecimiento, ya que a nivel de nanomoles, nanogramos o nanolitros, el cambio será sumamente significativo. Los pesos atómicos son el resultado de la ponderación de las masas atómicas de todos los isótopos estables de un elemento que pueden ser encontrados de manera natural. Por ejemplo, el carbono tiene dos isótopos estables: el 12C que tiene 6 protones y 6 neutrones (el que todos conocemos), y el 13C, que tiene 6 protones y 7 neutrones. Las abundancias de estos isótopos son del 98.89% y 1.11%, respectivamente. Como los protones y neutrones tienen prácticamente la misma masa, y la masa atómica de un elemento cualquiera esta en función de la masa atómica del 12C que es – por definición – 12 umas, cada protón y neutrón pesará 1 uma. Entonces, el peso atómico del carbono será (0.9889 x 12) + (0.0111 x 13) = 12.0111, justo el valor que aparece en la Tabla Periódica. Sin embargo, el carbono tiene además un isótopo radiactivo natural, el 14C con 6 protones y 8 neutrones, el cual se encuentra en cantidades sumamente pequeñas llamadas “trazas”, y que después de un poco más de 5700 años se convierte en nitrógeno. Este isótopo no es contado para calcular el peso atómico del átomo de carbono porque no cumple con una de las premisas usadas por la IUPAC para calcular los pesos atómicos: si el isótopo natural es radiactivo, debe ser estable por lo menos 1010 años. Si miran con detenimiento la Tabla Periódica, muchos elementos no tienen pesos atómicos exactos y los ponen dentro de paréntesis, por ejemplo, el Ástato, el Radón, el Radio y casi todos los actínidos como el Plutonio, Neptunio, entre otros. Esto se debe a que son elementos naturalmente radiactivos, se convierten en otro elemento completamente diferente después de un determinado tiempo y no se mantienen estables por 1010 años. Por otro lado, la determinación del peso atómico de aquellos elementos que tienen sólo un isótopo estable (100% de abundancia), tales como el Flúor, Aluminio o el Oro, serán mucho más fáciles de determinar. Además, estos pesos atómicos son considerados como constantes de la naturaleza y sus valores son conocidos con una precisión sumamente alta, con incertidumbres de sólo 1 parte en 38 millones (como es el caso del flúor), a diferencia de aquellos elementos que tiene más de un isótopo natural estable, cuyas incertidumbres son más grandes. Es por esta razón que hemos usado – por más de 150 años – pesos atómicos con un valor único estándar, tal como aparece en los libros y las tablas periódicas de los elementos. Sin embargo, la Comisión de Abundancias Isotópicas y Pesos Atómicos de la IUPAC ha publicado una nueva Tabla Periódica donde los átomos del hidrógeno, litio, boro, carbono, nitrógeno, oxígeno, silicio, azufre, cloro y talio, presentarán sus pesos atómicos como intervalos. De esta manera, podrás usar como peso atómico del hidrógeno cualquier valor que esté dentro del intervalo [1.00784; 1.00811], pero este valor dependerá de donde hayas encontrado dicho elemento. Para eso habrá una tabla como la siguiente, de la cual se obtendrán los pesos atómicos exactos: Estos datos han sido obtenidos gracias a las modernas técnicas analíticas (espectrometría de masas o activación neutrónica) que pueden calcular el peso de los elementos de manera muy precisa, ya que los estudian de manera individual… átomo por átomo. Entonces, las posibles ilustraciones que mostrará la IUPAC para su nueva Tabla Periódica de los Elementos Químicos será… Figura: a muestra al cloro con dos isótopos naturales estables, cuyo peso atómico no es una constante de la naturaleza y será presentado como un intervalo. b muestra al mercurio con siete isótopos naturales estables, cuyo peso atómico no es una constante de la naturaleza pero su valor se muestra de manera estándar. c muestra al arsénico que sólo tiene un isótopo natural estable por lo tanto su peso atómico será una constante de la naturaleza. d muestra al americio el cual es un elemento naturalmente radiactivo y no posee un isótopo estable por 1010 años, por lo tanto no tiene un peso atómico estándar. Usando estos nuevos valores de pesos atómicos y las técnicas analíticas modernas tendremos la capacidad de identificar de donde procede un determinado alimento o la pureza química de algún insumo, todo esto en base a sus abundancias isotópicas. También podrá ser usado en la medicina forense para determinar si una persona fue envenenada, o el lugar donde estuvo en sus últimos días de vida. En el deporte, podrá ser usado para determinar los casos de dopaje ya que el peso atómico del carbono encontrado en la testosterona humana es mayor al de la testosterona de origen farmacéutico. Todos estos avances se dan en conmemoración al Año Internacional de la Química del 2011. Referencias: ... Read more »
Coplen, TB, & Holden, NE. (2011) Atomic Weights—No Longer Constants of Nature. Chemistry International, 33(2). info:/
Wieser, M., & Coplen, T. (2010) Atomic weights of the elements 2009 (IUPAC Technical Report). Pure and Applied Chemistry, 1. DOI: 10.1351/PAC-REP-10-09-14
by David Castro in BioUnalm
En la actualidad, uno de los principales objetivos de muchos centros de investigación en el mundo es la búsqueda de fuentes de energía renovables que reemplacen a los combustibles fósiles. Uno de ellos es el hidrógeno gaseoso (H2). Hasta ahora se han identificado una serie de bacterias que tienen la capacidad de producirlo, ya sea mediante procesos fotosintéticos o fermentativos. Sin embargo, todos ellos requieren de ambientes anaeróbicos para que sus principales enzimas productoras de H2 – las hidrogenasas y nitrogenasas – puedan funcionar. Algunos organismos diazótrofos (fijadores de nitrógeno) como la Anabaena (una cianobacteria) pueden fijar el nitrógeno y producir H2 en estructuras especializadas llamadas heterocistos, los cuales forman un microambiente anaeróbico para mantener el funcionamiento de sus enzimas sensibles al oxígeno. Sin embargo, estos heterocistos no son abundantes, están en una proporción de 1:10 con respecto a las células normales, lo cual no lo hace muy adecuado como para usarlos en la producción a gran escala, debido a su bajo rendimiento por biomasa. Sin embargo, científicos de la Universidad de Washington liderados por la Dra. Anindita Bandyopadhyay han descrito una cianobacteria del género Cyanothece – ATCC 51142 – con la capacidad de producir grandes cantidades de H2 en condiciones aeróbicas. Esta cianobacteria durante el día hace la fotosíntesis, fijando el carbono del ambiente (CO2) para almacenarlo en forma de glucógeno. Durante la noche, cuando por obvias razones no puede hacer la fotosíntesis, usa este glucógeno para producir energía en forma de ATP, el cual es usado para mantener en funcionamiento su enzima nitrogenasa, la cual fija el nitrógeno gaseoso del ambiente (N2) en forma de amoniaco (NH3) y en el proceso libera H2, el cual puede ser aprovechado como un combustible renovable. Gracias a las altas tasas de respiración durante la fase oscura, se crea un ambiente subóxico dentro de la célula, la cual favorece al funcionamiento de la nitrogenasa que, como mencionamos anteriormente, es sensible al oxígeno. Además, Bandyopadhyay et al. lograron aumentar los rendimientos de producción de H2 usando otras fuentes de carbono, como el glicerol, e inyectando mayores cantidades de CO2 al medio de cultivo. El rendimiento específico bajo estas condiciones fue de aproximadamente 200umoles de H2 por miligramo de clorofila por hora. Cabe resaltar que tanto el glicerol como el CO2 son productos de desecho abundantes en muchos procesos industriales. Las Cyanothece 51142 normalmente fueron cultivadas con 12 horas de luz y 12 horas de oscuridad, uno para producir la energía y el otro para usarla en la fijación del nitrógeno y la producción de H2. Pero, cuando sometieron al cultivo a un periodo de 48 horas de luz continuas, los niveles de H2 aumentaron hasta más de 900ml por cada litro de cultivo. Algo sorprendente de este experimento fue que las cianobacterias mantenía sus fases luminosa y oscura a pesar de no tener ningún periodo de oscuridad en los dos días que duró el ensayo. Esto lo determinaron porque los niveles de O2 disueltos en el medio de cultivo aumentaban y disminuían cada 12 horas. Este fue un gran descubrimiento porque a parte de poder producir H2 en condiciones aeróbicas, podía hacerlo con luz continua. La explicación es que con 48 horas de luz continua, la maquinaria fotosintética funcionaría más tiempo y produciría mayor cantidad de glucógeno. Cuanto más glucógeno tiene para respirar, más ATP se generará, más N2 se fijará y más H2 se producirá. Y como mantiene su “ciclo circadiano” los niveles de oxígeno celular se reducirán cada 12 horas, permitiendo el funcionamiento de la nitrogenasa. Los investigadores también demostraron que el sistema nitrogenasa podría direccionar todos los electrones a la producción de H2 en ausencia de N2. Como vimos en la ecuación de la primera figura, la Cyanothece 51142 usa ocho electrones en la fijación del nitrógeno: seis para la formación del amoniaco (NH3) y dos para la formación del H2; pero, si todos los electrones los destinara a la formación de hidrógeno, sería capaz de producir hasta 4 moléculas de H2 con la misma cantidad de energía. Esto lo demostraron usando una atmósfera de Argón en vez de Nitrógeno. Bajo estas condiciones, la producción de H2 fue entre dos y tres veces superior a las condiciones normales. De todas maneras, el rendimiento de H2 producido por Cyanothece 51142 fue superior al de cualquier microbio silvestre estudiado hasta el momento. Entonces, si se empieza a mejorar esta cepa de Cyanothece usando la biotecnología y la ingeniería genética, los rendimientos podrían aumentar considerablemente, volviéndose muy rentable económicamente hablando. Referencia: Bandyopadhyay, A., Stöckel, J., Min, H., Sherman, L., & Pakrasi, H. (2010). High rates of photobiological H2 production by a cyanobacterium under aerobic conditions Nature Communications, 1 (9) DOI: 10.1038/ncomms1139 BioUnalm
... Read more »
Bandyopadhyay, A., Stöckel, J., Min, H., Sherman, L., & Pakrasi, H. (2010) High rates of photobiological H2 production by a cyanobacterium under aerobic conditions. Nature Communications, 1(9), 139. DOI: 10.1038/ncomms1139
Do you write about peer-reviewed research in your blog? Use ResearchBlogging.org to make it easy for your readers — and others from around the world — to find your serious posts about academic research.
If you don't have a blog, you can still use our site to learn about fascinating developments in cutting-edge research from around the world.