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Vor grünem Hintergrund findet man auf dem Banner unseres Blogs eine Collage von Objekten, stellvertretend für unsere Interessen und die Thematik unserer Posts: Auf der rechten Seite liegt ein phylogenetischer Baum aus den Notizbüchern Darwins über dem schematischen Bandenmuster einer Agarose-Gelelektrophorese. Wir wollen versuchen die Geschichte der Biologie und evolutionsbiologische Konzepte mit modernen Methoden und Erkenntnissen der Molekularbiologie zu verbinden. Die Fachgebiete unserer jeweiligen Forschung werden daneben auch durch die beiden Organismen im Banner verdeutlicht: Alexander Knoll arbeitet mit dem pflanzlichen Modellorganismus Arabidopsis thaliana (Ackerschmalwand), von dem eine Blüte links im Banner zu sehen ist. Der aus Ernst Haeckels "Kunstformen der Natur" entnommene Bandwurm Tetrarhynchus longicollis (Tafel 75, Nummer 11) steht als Fischparasit stellvertretend für Emanuel Heitlingers Arbeit am Aalparasiten Anguillicola crassus.
Alexander Knoll
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Emanuel Heitlinger
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- April 4, 2011
- 05:56 PM
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The MolBio Carnival #9
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Welcome to edition #9 of the MolBio Carnival! If you the third edition of the carnival which I also hosted, you probably wonder why a part of this post is in German. The answer is easy, the German science blogosphere is big and keeps growing, and I want to feature molecular biology-related blog posts here as well! If you speak German, feel free to look around!
If you catch a cold, there is not much you can do but wait till it gets better after a week of coughing and sneezing. Since a cold is cau........ Read more »
Hultberg, A., Temperton, N., Rosseels, V., Koenders, M., Gonzalez-Pajuelo, M., Schepens, B., Itatà Ibañez, L., Vanlandschoot, P., Schillemans, J., Saunders, M.... (2011) Llama-Derived Single Domain Antibodies to Build Multivalent, Superpotent and Broadened Neutralizing Anti-Viral Molecules. PLoS ONE, 6(4). DOI: 10.1371/journal.pone.0017665
Wei JR, Krishnamoorthy V, Murphy K, Kim JH, Schnappinger D, Alber T, Sassetti CM, Rhee KY, & Rubin EJ. (2011) Depletion of antibiotic targets has widely varying effects on growth. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 108(10), 4176-81. PMID: 21368134
Zwijnenburg, P., Meijers-Heijboer, H., & Boomsma, D. (2010) Identical but not the same: The value of discordant monozygotic twins in genetic research. American Journal of Medical Genetics Part B: Neuropsychiatric Genetics. DOI: 10.1002/ajmg.b.31091
Bell, J., & Spector, T. (2011) A twin approach to unraveling epigenetics. Trends in Genetics, 27(3), 116-125. DOI: 10.1016/j.tig.2010.12.005
- October 4, 2010
- 04:32 PM
- 373 views
The MolBio Carnival, third edition
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Welcome to the third edition of the MolBio Carnival! This time around, we have an additional section you can find at the end of the post - blog posts on molecular biology in German! The German science blogosphere is actually doing quite well, and if you speak the language, fell free to look around here at the German Scienceblogs, or over at Scilogs.de for a start.
We've got some great posts lined up, so let's jump right into some molbio action!1) Some of you may know archaea of the genus Thermo........ Read more »
Kim, Y., Lee, H., Kim, E., Bae, S., Lim, J., Matsumi, R., Lebedinsky, A., Sokolova, T., Kozhevnikova, D., Cha, S.... (2010) Formate-driven growth coupled with H2 production. Nature, 467(7313), 352-355. DOI: 10.1038/nature09375
Kertesz, M., Wan, Y., Mazor, E., Rinn, J., Nutter, R., Chang, H., & Segal, E. (2010) Genome-wide measurement of RNA secondary structure in yeast. Nature, 467(7311), 103-107. DOI: 10.1038/nature09322
Erickson, H., & Osawa, M. (2010) MicroCommentary: Cell division without FtsZ - a variety of redundant mechanisms. Molecular Microbiology. DOI: 10.1111/j.1365-2958.2010.07321.x
Lee K, Gallop JL, Rambani K, & Kirschner MW. (2010) Self-assembly of filopodia-like structures on supported lipid bilayers. Science (New York, N.Y.), 329(5997), 1341-5. PMID: 20829485
Guo H, Ingolia NT, Weissman JS, & Bartel DP. (2010) Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels. Nature, 466(7308), 835-40. PMID: 20703300
Gilbert, C., & Feschotte, C. (2010) Genomic Fossils Calibrate the Long-Term Evolution of Hepadnaviruses. PLoS Biology, 8(9). DOI: 10.1371/journal.pbio.1000495
Petsalaki E, & Russell RB. (2008) Peptide-mediated interactions in biological systems: new discoveries and applications. Current opinion in biotechnology, 19(4), 344-50. PMID: 18602004
Fire A, Xu S, Montgomery MK, Kostas SA, Driver SE, & Mello CC. (1998) Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature, 391(6669), 806-11. PMID: 9486653
- May 22, 2010
- 12:59 PM
- 1,334 views
Das Venter-Rezept für Bakterien mit synthetisiertem Genom
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Ich habe nicht vor, hier Venter-Bashing zu betreiben. Genausowenig will ich rumphilosophieren, ob Craig Venter und sein Team Gott spielen. Beides kriegt man zur Genüge woanders, wenn einem danach ist. Ich werde auch nicht lange überlegen, ob hier künstliches Leben geschaffen wurde - meine Antwort dazu ist ein deutliches Nein.
Trotzdem stellt das, was Daniel Gibson und Kollegen vom J. Craig Venter Institute (JCVI) in ihrem neusten Paper in Science geschrieben haben, gleich mehrere bemerkenswe........ Read more »
Gibson, D., Glass, J., Lartigue, C., Noskov, V., Chuang, R., Algire, M., Benders, G., Montague, M., Ma, L., Moodie, M.... (2010) Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome. Science. DOI: 10.1126/science.1190719
Fraser, C., Gocayne, J., White, O., Adams, M., Clayton, R., Fleischmann, R., Bult, C., Kerlavage, A., Sutton, G., Kelley, J.... (1995) The Minimal Gene Complement of Mycoplasma genitalium. Science, 270(5235), 397-404. DOI: 10.1126/science.270.5235.397
Glass, J., Assad-Garcia, N., Alperovich, N., Yooseph, S., Lewis, M. R., Maruf, M., Hutchison III, C. A., Smith, H. O., & Venter, J. C. (2006) Essential genes of a minimal bacterium. Proceedings of the National Academy of Sciences, 103(2), 425-430. DOI: 10.1073/pnas.0510013103
Gibson, D., Benders, G., Andrews-Pfannkoch, C., Denisova, E., Baden-Tillson, H., Zaveri, J., Stockwell, T., Brownley, A., Thomas, D., Algire, M.... (2008) Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome. Science, 319(5867), 1215-1220. DOI: 10.1126/science.1151721
Lartigue, C., Glass, J., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P., Hutchison, C., Smith, H., & Venter, J. (2007) Genome Transplantation in Bacteria: Changing One Species to Another. Science, 317(5838), 632-638. DOI: 10.1126/science.1144622
Lartigue, C., Vashee, S., Algire, M., Chuang, R., Benders, G., Ma, L., Noskov, V., Denisova, E., Gibson, D., Assad-Garcia, N.... (2009) Creating Bacterial Strains from Genomes That Have Been Cloned and Engineered in Yeast. Science, 325(5948), 1693-1696. DOI: 10.1126/science.1173759
- May 17, 2010
- 03:40 PM
- 1,055 views
Mitochondrial Aging, progress on triple-negative breast cancer and the probability of a common ancestor are my MolBio Picks of the Week
by Alexander Knoll in Alles was lebt
It's been a while since the last edition, but this week, the MolBio Picks of the Week (usually at home over at MolBio Research Highlights) are hosted here! If you are interested in one or more of the blog posts or research papers summed up here, please check out the full posts at the respective blogs.1. Endosymbiotic theory meets aging
Mitochondria (and chloroplasts in plants, by the way) are organelles in our cells that according to the endosymbiotic theory go back to once free-living bacteria ........ Read more »
Muradian KK, Lehmann G, & Fraifeld VE. (2010) NUMT ("new mighty") hypothesis of longevity. Rejuvenation research, 13(2-3), 152-5. PMID: 20462381
Bouwman, P., Aly, A., Escandell, J., Pieterse, M., Bartkova, J., van der Gulden, H., Hiddingh, S., Thanasoula, M., Kulkarni, A., Yang, Q.... (2010) 53BP1 loss rescues BRCA1 deficiency and is associated with triple-negative and BRCA-mutated breast cancers. Nature Structural . DOI: 10.1038/nsmb.1831
Theobald, D. (2010) A formal test of the theory of universal common ancestry. Nature, 465(7295), 219-222. DOI: 10.1038/nature09014
- February 25, 2010
- 05:25 PM
- 1,171 views
Stammzellen mit selbstzerstörerischen Tendenzen?
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Jeder von uns, genauso wie alle anderen Organismen auf der Erde, nimmt täglich Schaden an der DNA in den Körperzellen. Dagegen kann man erstmal nichts machen, die Schäden sind auf natürliche innere und äußere Gründe zurückzuführen: Ionisierende Strahlung aus dem All und dem Boden; UV-Strahlung; DNA-schädigende Moleküle, die wir mit der Nahrung zu uns nehmen; sogar unser eigener Stoffwechsel produziert mit reaktiven Sauerstoffspezies Moleküle, die die DNA angreifen können! Dass wir d........ Read more »
Larsen, B., Rampalli, S., Burns, L., Brunette, S., Dilworth, F., & Megeney, L. (2010) Caspase 3/caspase-activated DNase promote cell differentiation by inducing DNA strand breaks. Proceedings of the National Academy of Sciences. DOI: 10.1073/pnas.0913089107
- February 11, 2010
- 05:31 PM
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Wissenschaftsblog-Auslese 2009 und ein wenig über Malaria und sekundäre Pflanzenstoffe
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Das Ergebnis der Wissenschaftsblogs-Auslese 2009 ist da, und ich bin überrascht, denn ein Post von mir hat es tatsächlich unter die 14 besten Artikel geschafft!
Ãœberrascht bin ich, weil der Artikel über Krebs, beziehungsweise dessen Fehlen bei Nacktmullen, der am heftigsten diskutierte Post auf Alles was lebt ist - obwohl es darin weder um Esos noch Fahrradhelme geht, sondern um Wissenschaft, die in einem Journal mit peer review veröffentlicht wurde. Der Text war also wohl doch nicht so sch........ Read more »
Nagamune, K., Hicks, L., Fux, B., Brossier, F., Chini, E., & Sibley, L. (2008) Abscisic acid controls calcium-dependent egress and development in Toxoplasma gondii. Nature, 451(7175), 207-210. DOI: 10.1038/nature06478
Lafferty, K. (2006) Can the common brain parasite, Toxoplasma gondii, influence human culture?. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 273(1602), 2749-2755. DOI: 10.1098/rspb.2006.3641
- November 8, 2009
- 03:27 PM
- 1,067 views
Die Wurst mit Zähnen kriegt keinen Krebs!
by Alexander Knoll in Alles was lebt
In Listen über die merkwürdigsten Tiere auf diesem Planeten taucht eins ziemlich oft ganz weit oben auf: der Nacktmull (Heterocephalus glaber), liebevoll gern auch mal "Penis mit Zähnen" genannt. Schön sieht er ja wirklich nicht aus, doch es sind bekanntlich andere Dinge, die zählen.
Der Nacktmull, wie er leibt und lebt. Quelle: Riude/flickr
Der Nacktmull ist nämlich ein extrem merkwürdiges Tier, und merkwürdig bedeutet für einen Wissenschaftler vor allem eins: interessant! Dieses ........ Read more »
Seluanov, A., Hine, C., Azpurua, J., Feigenson, M., Bozzella, M., Mao, Z., Catania, K., & Gorbunova, V. (2009) Hypersensitivity to contact inhibition provides a clue to cancer resistance of naked mole-rat. Proceedings of the National Academy of Sciences. DOI: 10.1073/pnas.0905252106
- August 7, 2009
- 07:44 AM
- 1,383 views
Trickreiche Orchideen
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Viele Orchideenarten haben den tollen Beinamen "Täuschblume". Das bedeutet, dass sie den Insekten, die sie zur Bestäubung benötigen, Belohnungen nur vortäuschen.
Pflanzen, die die Bestäubung von Insekten erledigen lassen, bieten in der Regel ein kleines Dankeschön in Form von Nektar an. Die Insekten transportieren dann eher nebenbei die Pollen von einer Blüte zur nächsten. Doch diese Art der Fortpflanzung ist natürlich recht teuer, weil die Pflanze den energiereichen Nektar produzieren ........ Read more »
Jennifer Brodmann, Robert Twele, Wittko Francke, Luo Yi-bo, Song Xi-qiang, & Manfred Ayasse. (2009) Orchid Mimics Honey Bee Alarm Pheromone in Order to Attract Hornets for Pollination. Current Biology. info:/
- June 14, 2009
- 03:52 AM
- 1,435 views
Ein Parasit im Genom als Haustier der DNA-Reparaturforscher
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Das wird also mein Beitrag zum Parasiten-Tag, ins Leben gerufen von Bierologie. Mein Parasit ist aber weder Tier noch Pflanze, er ist noch nicht einmal ein Lebewesen. Vielmehr handelt es sich bei meinem Parasiten um ein Gen, das sich über einen interessanten Mechanismus in der Bäckerhefe Saccharomyces cerevisiae ausbreiten kann.
Die Geschichte wird umso interessanter, weil dieses Gen seit seiner Entdeckung zu einem sehr nützliches Werkzeug in der Erforschung der DNA-Reparatur und -Rekombinat........ Read more »
Jacquier, A., & Dujon, B. (1985) An intron-encoded protein is active in a gene conversion process that spreads an intron into a mitochondrial gene. Cell, 41(2), 383-394. DOI: 10.1016/S0092-8674(85)80011-8
Grabher, C., & Wittbrodt, J. (2007) Meganuclease and transposon mediated transgenesis in medaka. Genome Biology, 8(Suppl 1). DOI: 10.1186/gb-2007-8-s1-s10
- June 3, 2009
- 05:48 PM
- 1,352 views
Die Ironie der Satire
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Heute bewege ich mich weit außerhalb meines Fachbereichs, aber das Paper über das ich ein wenig erzählen will ist einfach zu gut! Man verzeihe mir daher, wenn ich zwischendurch irgendeinen Mist verzapfe, der für einen Soziologen oder Politologen offensichtlich ist.
Die Forschergruppe um Heather L. LaMarre von der Ohio State University haben im International Journal of Press/Politics einen (frei zugänglichen!) Artikel veröffentlicht, von dem ich gleich den Titel geklaut habe: "The Irony of........ Read more »
LaMarre, H., Landreville, K., & Beam, M. (2009) The Irony of Satire: Political Ideology and the Motivation to See What You Want to See in The Colbert Report. The International Journal of Press/Politics, 14(2), 212-231. DOI: 10.1177/1940161208330904
- May 31, 2009
- 05:41 PM
- 1,567 views
Gepanzerte Fische und zerstückelte DNA
by Emanuel Heitlinger in Alles was lebt
Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus (Restriktion Fragment Length Polymorphism; RFLP) ist an sich schon ein schwieriges Wort, mit dem man vielleicht nicht unbedingt einen Artikel anfangen sollte. Wer trotzdem nicht zu sehr abgeschreckt ist, dem möchte ich versuchen zu erklären, wie man diese intelligente und etablierte Technik in Verbindung mit Hochdurchsatzsequenzierung nutzen kann. Zunächst mal ein Bild wie das früher aussah.
RFLP wird also seit den 1980 als "genetischer Marker" fÃ........ Read more »
Baird, N., Etter, P., Atwood, T., Currey, M., Shiver, A., Lewis, Z., Selker, E., Cresko, W., & Johnson, E. (2008) Rapid SNP Discovery and Genetic Mapping Using Sequenced RAD Markers. PLoS ONE, 3(10). DOI: 10.1371/journal.pone.0003376
- May 13, 2009
- 02:12 PM
- 1,423 views
Ist Pfropfung grüne Gentechnik?
by Alexander Knoll in Alles was lebt
In der Mitte des 19. Jahrhunderts führte das Einschleppen der amerikanischen Reblaus zusammen mit Lieferungen von Weinreben über England nach Frankreich zu der heute als Reblauskatastrophe [1] bekannten Epidemie. In der ehemaligen französischen Provinz Languedoc beschrieben die Winzer um 1863 eine Fäuleerkrankung ihrer Weinreben, die sich schnell über ganz Frankreich und dann das übrige Europa ausbreitete. Der Effekt war dramatisch: Allein in Frankreich kam es zu Verlusten von fast 50% der........ Read more »
Stegemann, S., & Bock, R. (2009) Exchange of Genetic Material Between Cells in Plant Tissue Grafts. Science, 324(5927), 649-651. DOI: 10.1126/science.1170397
Beddie, A. D. (1942) Natural Root Grafts in New Zealand Trees. Transactions and Proceedings of the Royal Society of New Zealand, 199-203. DOI: http://rsnz.natlib.govt.nz/volume/rsnz_71/rsnz_71_03_003250.html
- April 27, 2009
- 08:22 AM
- 1,310 views
Malaria in Brasilien: Ähnlich, aber trotzdem anders
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Bei Malaria denkt man am ehesten an Afrika und den dort häufigsten Malariaerreger Plasmodium falciparum. Von dort kennt man auch einen Trick der Evolution, wie manche Menschen resistent gegen Malaria sein können: Patienten der Erbkrankheit Sichelzellanämie bilden eine veränderte Form des Blutfarbstoffs Hämoglobin, so dass sich die roten Blutkörperchen, die Erythrocyten, sichelförmig verformen. Dies führt zu einer Armut an roten Blutkörperchen, da die verformten schnell abgebaut werden. ........ Read more »
Santana, M., de Lacerda, M., Barbosa, M., Alecrim, W., & Alecrim, M. (2009) Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase Deficiency in an Endemic Area for Malaria in Manaus: A Cross-Sectional Survey in the Brazilian Amazon. PLoS ONE, 4(4). DOI: 10.1371/journal.pone.0005259
- April 6, 2009
- 07:29 PM
- 1,709 views
Microarrays - mausetot
by Emanuel Heitlinger in Alles was lebt
Es geht oft unter in der Diskussion um die Sequenzierung menschlicher Genome, dass die dafür entwickelte Technologie einen weiteren ebenso bedeutenden "Neben-Nutzen" hat:
Die Analyse von Genexpression.... Read more »
Pedotti, P., 't Hoen, P., Vreugdenhil, E., Schenk, G., Vossen, R., Ariyurek, Y., de Hollander, M., Kuiper, R., van Ommen, G., den Dunnen, J.... (2008) Can subtle changes in gene expression be consistently detected with different microarray platforms?. BMC Genomics, 9(1), 124. DOI: 10.1186/1471-2164-9-124
't Hoen, P., Ariyurek, Y., Thygesen, H., Vreugdenhil, E., Vossen, R., de Menezes, R., Boer, J., van Ommen, G., & den Dunnen, J. (2008) Deep sequencing-based expression analysis shows major advances in robustness, resolution and inter-lab portability over five microarray platforms. Nucleic Acids Research, 36(21). DOI: 10.1093/nar/gkn705
- March 22, 2009
- 09:00 AM
- 1,501 views
Das perfekte Verbrechen?
by Alexander Knoll in Alles was lebt
Für den millionenschweren Juwelenraub im KaDeWe in Berlin letzten Januar wurden vor wenigen Tagen Zwillinge festgenommen. Das beste Beweisstück war ein liegengelassener Handschuh, von dem DNA-Spuren sichergestellt werden konnten, die letztlich den Zwillingen zugeordnet wurden. Auch auf Aufnahmen einer Ãœberwachungskamera ist einer der Täter zu sehen. Doch jetzt mussten die Tatverdächtigen wieder freigelassen werden: Welcher der beiden Zwillinge auf der Aufnahme zu sehen ist, können die Ermi........ Read more »
Fraga, M. (2005) From The Cover: Epigenetic differences arise during the lifetime of monozygotic twins. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(30), 10604-10609. DOI: 10.1073/pnas.0500398102
Tonegawa, S. (1983) Somatic generation of antibody diversity. Nature, 302(5909), 575-581. DOI: 10.1038/302575a0
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