Argent23 , Alexander Knoll

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  • April 4, 2011
  • 05:56 PM
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The MolBio Carnival #9

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Welcome to edition #9 of the MolBio Carnival! If you the third edition of the carnival which I also hosted, you probably wonder why a part of this post is in German. The answer is easy, the German science blogosphere is big and keeps growing, and I want to feature molecular biology-related blog posts here as well! If you speak German, feel free to look around!
If you catch a cold, there is not much you can do but wait till it gets better after a week of coughing and sneezing. Since a cold is cau........ Read more »

Hultberg, A., Temperton, N., Rosseels, V., Koenders, M., Gonzalez-Pajuelo, M., Schepens, B., Itatí Ibañez, L., Vanlandschoot, P., Schillemans, J., Saunders, M.... (2011) Llama-Derived Single Domain Antibodies to Build Multivalent, Superpotent and Broadened Neutralizing Anti-Viral Molecules. PLoS ONE, 6(4). DOI: 10.1371/journal.pone.0017665  

Wei JR, Krishnamoorthy V, Murphy K, Kim JH, Schnappinger D, Alber T, Sassetti CM, Rhee KY, & Rubin EJ. (2011) Depletion of antibiotic targets has widely varying effects on growth. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 108(10), 4176-81. PMID: 21368134  

Zwijnenburg, P., Meijers-Heijboer, H., & Boomsma, D. (2010) Identical but not the same: The value of discordant monozygotic twins in genetic research. American Journal of Medical Genetics Part B: Neuropsychiatric Genetics. DOI: 10.1002/ajmg.b.31091  

Bell, J., & Spector, T. (2011) A twin approach to unraveling epigenetics. Trends in Genetics, 27(3), 116-125. DOI: 10.1016/j.tig.2010.12.005  

  • October 4, 2010
  • 04:32 PM
  • 455 views

The MolBio Carnival, third edition

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Welcome to the third edition of the MolBio Carnival! This time around, we have an additional section you can find at the end of the post - blog posts on molecular biology in German! The German science blogosphere is actually doing quite well, and if you speak the language, fell free to look around here at the German Scienceblogs, or over at Scilogs.de for a start.

We've got some great posts lined up, so let's jump right into some molbio action!1) Some of you may know archaea of the genus Thermo........ Read more »

Kim, Y., Lee, H., Kim, E., Bae, S., Lim, J., Matsumi, R., Lebedinsky, A., Sokolova, T., Kozhevnikova, D., Cha, S.... (2010) Formate-driven growth coupled with H2 production. Nature, 467(7313), 352-355. DOI: 10.1038/nature09375  

Kertesz, M., Wan, Y., Mazor, E., Rinn, J., Nutter, R., Chang, H., & Segal, E. (2010) Genome-wide measurement of RNA secondary structure in yeast. Nature, 467(7311), 103-107. DOI: 10.1038/nature09322  

Lee K, Gallop JL, Rambani K, & Kirschner MW. (2010) Self-assembly of filopodia-like structures on supported lipid bilayers. Science (New York, N.Y.), 329(5997), 1341-5. PMID: 20829485  

  • May 22, 2010
  • 12:59 PM
  • 1,445 views

Das Venter-Rezept für Bakterien mit synthetisiertem Genom

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Ich habe nicht vor, hier Venter-Bashing zu betreiben. Genausowenig will ich rumphilosophieren, ob Craig Venter und sein Team Gott spielen. Beides kriegt man zur Genüge woanders, wenn einem danach ist. Ich werde auch nicht lange überlegen, ob hier künstliches Leben geschaffen wurde - meine Antwort dazu ist ein deutliches Nein.

Trotzdem stellt das, was Daniel Gibson und Kollegen vom J. Craig Venter Institute (JCVI) in ihrem neusten Paper in Science geschrieben haben, gleich mehrere bemerkenswe........ Read more »

Gibson, D., Glass, J., Lartigue, C., Noskov, V., Chuang, R., Algire, M., Benders, G., Montague, M., Ma, L., Moodie, M.... (2010) Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome. Science. DOI: 10.1126/science.1190719  

Fraser, C., Gocayne, J., White, O., Adams, M., Clayton, R., Fleischmann, R., Bult, C., Kerlavage, A., Sutton, G., Kelley, J.... (1995) The Minimal Gene Complement of Mycoplasma genitalium. Science, 270(5235), 397-404. DOI: 10.1126/science.270.5235.397  

Glass, J., Assad-Garcia, N., Alperovich, N., Yooseph, S., Lewis, M. R., Maruf, M., Hutchison III, C. A., Smith, H. O., & Venter, J. C. (2006) Essential genes of a minimal bacterium. Proceedings of the National Academy of Sciences, 103(2), 425-430. DOI: 10.1073/pnas.0510013103  

Gibson, D., Benders, G., Andrews-Pfannkoch, C., Denisova, E., Baden-Tillson, H., Zaveri, J., Stockwell, T., Brownley, A., Thomas, D., Algire, M.... (2008) Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome. Science, 319(5867), 1215-1220. DOI: 10.1126/science.1151721  

Lartigue, C., Glass, J., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P., Hutchison, C., Smith, H., & Venter, J. (2007) Genome Transplantation in Bacteria: Changing One Species to Another. Science, 317(5838), 632-638. DOI: 10.1126/science.1144622  

Lartigue, C., Vashee, S., Algire, M., Chuang, R., Benders, G., Ma, L., Noskov, V., Denisova, E., Gibson, D., Assad-Garcia, N.... (2009) Creating Bacterial Strains from Genomes That Have Been Cloned and Engineered in Yeast. Science, 325(5948), 1693-1696. DOI: 10.1126/science.1173759  

  • May 17, 2010
  • 03:40 PM
  • 1,142 views

Mitochondrial Aging, progress on triple-negative breast cancer and the probability of a common ancestor are my MolBio Picks of the Week

by Alexander Knoll in Alles was lebt

It's been a while since the last edition, but this week, the MolBio Picks of the Week (usually at home over at MolBio Research Highlights) are hosted here! If you are interested in one or more of the blog posts or research papers summed up here, please check out the full posts at the respective blogs.1. Endosymbiotic theory meets aging
Mitochondria (and chloroplasts in plants, by the way) are organelles in our cells that according to the endosymbiotic theory go back to once free-living bacteria ........ Read more »

Muradian KK, Lehmann G, & Fraifeld VE. (2010) NUMT ("new mighty") hypothesis of longevity. Rejuvenation research, 13(2-3), 152-5. PMID: 20462381  

Bouwman, P., Aly, A., Escandell, J., Pieterse, M., Bartkova, J., van der Gulden, H., Hiddingh, S., Thanasoula, M., Kulkarni, A., Yang, Q.... (2010) 53BP1 loss rescues BRCA1 deficiency and is associated with triple-negative and BRCA-mutated breast cancers. Nature Structural . DOI: 10.1038/nsmb.1831  

  • February 25, 2010
  • 05:25 PM
  • 1,369 views

Stammzellen mit selbstzerstörerischen Tendenzen?

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Jeder von uns, genauso wie alle anderen Organismen auf der Erde, nimmt täglich Schaden an der DNA in den Körperzellen. Dagegen kann man erstmal nichts machen, die Schäden sind auf natürliche innere und äußere Gründe zurückzuführen: Ionisierende Strahlung aus dem All und dem Boden; UV-Strahlung; DNA-schädigende Moleküle, die wir mit der Nahrung zu uns nehmen; sogar unser eigener Stoffwechsel produziert mit reaktiven Sauerstoffspezies Moleküle, die die DNA angreifen können! Dass wir d........ Read more »

Larsen, B., Rampalli, S., Burns, L., Brunette, S., Dilworth, F., & Megeney, L. (2010) Caspase 3/caspase-activated DNase promote cell differentiation by inducing DNA strand breaks. Proceedings of the National Academy of Sciences. DOI: 10.1073/pnas.0913089107  

  • February 11, 2010
  • 05:31 PM
  • 1,361 views

Wissenschaftsblog-Auslese 2009 und ein wenig über Malaria und sekundäre Pflanzenstoffe

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Das Ergebnis der Wissenschaftsblogs-Auslese 2009 ist da, und ich bin überrascht, denn ein Post von mir hat es tatsächlich unter die 14 besten Artikel geschafft!
Überrascht bin ich, weil der Artikel über Krebs, beziehungsweise dessen Fehlen bei Nacktmullen, der am heftigsten diskutierte Post auf Alles was lebt ist - obwohl es darin weder um Esos noch Fahrradhelme geht, sondern um Wissenschaft, die in einem Journal mit peer review veröffentlicht wurde. Der Text war also wohl doch nicht so sch........ Read more »

  • November 8, 2009
  • 03:27 PM
  • 1,207 views

Die Wurst mit Zähnen kriegt keinen Krebs!

by Alexander Knoll in Alles was lebt

In Listen über die merkwürdigsten Tiere auf diesem Planeten taucht eins ziemlich oft ganz weit oben auf: der Nacktmull (Heterocephalus glaber), liebevoll gern auch mal "Penis mit Zähnen" genannt. Schön sieht er ja wirklich nicht aus, doch es sind bekanntlich andere Dinge, die zählen.


Der Nacktmull, wie er leibt und lebt. Quelle: Riude/flickr



Der Nacktmull ist nämlich ein extrem merkwürdiges Tier, und merkwürdig bedeutet für einen Wissenschaftler vor allem eins: interessant! Dieses ........ Read more »

Seluanov, A., Hine, C., Azpurua, J., Feigenson, M., Bozzella, M., Mao, Z., Catania, K., & Gorbunova, V. (2009) Hypersensitivity to contact inhibition provides a clue to cancer resistance of naked mole-rat. Proceedings of the National Academy of Sciences. DOI: 10.1073/pnas.0905252106  

  • August 7, 2009
  • 07:44 AM
  • 1,537 views

Trickreiche Orchideen

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Viele Orchideenarten haben den tollen Beinamen "Täuschblume". Das bedeutet, dass sie den Insekten, die sie zur Bestäubung benötigen, Belohnungen nur vortäuschen.
Pflanzen, die die Bestäubung von Insekten erledigen lassen, bieten in der Regel ein kleines Dankeschön in Form von Nektar an. Die Insekten transportieren dann eher nebenbei die Pollen von einer Blüte zur nächsten. Doch diese Art der Fortpflanzung ist natürlich recht teuer, weil die Pflanze den energiereichen Nektar produzieren ........ Read more »

Jennifer Brodmann, Robert Twele, Wittko Francke, Luo Yi-bo, Song Xi-qiang, & Manfred Ayasse. (2009) Orchid Mimics Honey Bee Alarm Pheromone in Order to Attract Hornets for Pollination. Current Biology. info:/

  • June 14, 2009
  • 03:52 AM
  • 1,570 views

Ein Parasit im Genom als Haustier der DNA-Reparaturforscher

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Das wird also mein Beitrag zum Parasiten-Tag, ins Leben gerufen von Bierologie. Mein Parasit ist aber weder Tier noch Pflanze, er ist noch nicht einmal ein Lebewesen. Vielmehr handelt es sich bei meinem Parasiten um ein Gen, das sich über einen interessanten Mechanismus in der Bäckerhefe Saccharomyces cerevisiae ausbreiten kann.

Die Geschichte wird umso interessanter, weil dieses Gen seit seiner Entdeckung zu einem sehr nützliches Werkzeug in der Erforschung der DNA-Reparatur und -Rekombinat........ Read more »

  • June 3, 2009
  • 05:48 PM
  • 1,462 views

Die Ironie der Satire

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Heute bewege ich mich weit außerhalb meines Fachbereichs, aber das Paper über das ich ein wenig erzählen will ist einfach zu gut! Man verzeihe mir daher, wenn ich zwischendurch irgendeinen Mist verzapfe, der für einen Soziologen oder Politologen offensichtlich ist.

Die Forschergruppe um Heather L. LaMarre von der Ohio State University haben im International Journal of Press/Politics einen (frei zugänglichen!) Artikel veröffentlicht, von dem ich gleich den Titel geklaut habe: "The Irony of........ Read more »

  • May 13, 2009
  • 02:12 PM
  • 1,553 views

Ist Pfropfung grüne Gentechnik?

by Alexander Knoll in Alles was lebt

In der Mitte des 19. Jahrhunderts führte das Einschleppen der amerikanischen Reblaus zusammen mit Lieferungen von Weinreben über England nach Frankreich zu der heute als Reblauskatastrophe [1] bekannten Epidemie. In der ehemaligen französischen Provinz Languedoc beschrieben die Winzer um 1863 eine Fäuleerkrankung ihrer Weinreben, die sich schnell über ganz Frankreich und dann das übrige Europa ausbreitete. Der Effekt war dramatisch: Allein in Frankreich kam es zu Verlusten von fast 50% der........ Read more »

  • April 27, 2009
  • 08:22 AM
  • 1,428 views

Malaria in Brasilien: Ähnlich, aber trotzdem anders

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Bei Malaria denkt man am ehesten an Afrika und den dort häufigsten Malariaerreger Plasmodium falciparum. Von dort kennt man auch einen Trick der Evolution, wie manche Menschen resistent gegen Malaria sein können: Patienten der Erbkrankheit Sichelzellanämie bilden eine veränderte Form des Blutfarbstoffs Hämoglobin, so dass sich die roten Blutkörperchen, die Erythrocyten, sichelförmig verformen. Dies führt zu einer Armut an roten Blutkörperchen, da die verformten schnell abgebaut werden. ........ Read more »

  • March 22, 2009
  • 09:00 AM
  • 1,650 views

Das perfekte Verbrechen?

by Alexander Knoll in Alles was lebt

Für den millionenschweren Juwelenraub im KaDeWe in Berlin letzten Januar wurden vor wenigen Tagen Zwillinge festgenommen. Das beste Beweisstück war ein liegengelassener Handschuh, von dem DNA-Spuren sichergestellt werden konnten, die letztlich den Zwillingen zugeordnet wurden. Auch auf Aufnahmen einer Überwachungskamera ist einer der Täter zu sehen. Doch jetzt mussten die Tatverdächtigen wieder freigelassen werden: Welcher der beiden Zwillinge auf der Aufnahme zu sehen ist, können die Ermi........ Read more »

  • March 2, 2009
  • 03:31 PM
  • 614 views

Projekt Paperübersicht Intermezzo: Homologe Rekombination

by Argent23 in Holliday Junction

Während es im letzten Post um den Reparatur-Aspekt unserer Mutanten ging, soll im nächsten deren Beteiligung an der DNA-Rekombination betrachtet werden. Doch das wird ohne ein wenig Hintergrundwissen zur homologen Rekombination nicht so leicht werden, deshalb habe ich mich für diesen hoffentlich nicht zu komplexen Einschub entschieden.Rekombination bedeutet zunächst, dass genetische Information zwischen zwei DNA-Molekülen ausgetauscht wird. Von den vielen Rekombinationsmechanismen ist die h........ Read more »

  • February 6, 2009
  • 11:15 AM
  • 480 views

Kaffee kreiert Krebs?

by Argent23 in Holliday Junction

Die wissenschaftliche Blogwelt ist in Aufruhr: Das Schundblatt Die reich bebilderte englische "Zeitung" Daily Mail berichtet über mögliche genotoxische Gefahren von Koffein für werdende Kinder. Und zitiert dabei gleich den Wissenschaftler Marcus Cooke von der Uni Leicester, der gerade angekündigt hat, dies untersuchen zu wollen. Der Aufreger ist hier, dass einerseits eine Zeitung bereits auf Grundlage der Ankündigung eines Forschungsprojekts schwangeren Frauen ein schlechtes Gewissen einred........ Read more »

  • November 13, 2008
  • 12:05 PM
  • 517 views

IBMP recap #1: DNA recombination

by Argent23 in Holliday Junction

Mit mehr Verspätung als geplant fange ich also endlich mit der Zusammenfassung der Vorträge vom diesjährigen IBMP-Kolloquium "Integrative Plant Biology" an.In der ersten Session ging es um DNA-Rekombination, also den Prozess, der Sequenzen zwischen zwei DNA-Molekülen austauscht. Einer der Sprecher war mein Chef, Holger Puchta, und über unsere Arbeiten werde ich demnächst sowieso noch schreiben, also spar ich mir das hier.Der zweite Vortrag war von Barbara Hohn und befasste sich mit dem Ein........ Read more »

Jean Molinier, Gerhard Ries, Cyril Zipfel, & Barbara Hohn. (2006) Transgeneration memory of stress in plants. Nature, 442(7106), 1046-1049. DOI: 10.1038/nature05022  

R C Barber, P Hickenbotham, T Hatch, D Kelly, N Topchiy, G M Almeida, G D D Jones, G E Johnson, J M Parry, K Rothkamm.... (2006) Radiation-induced transgenerational alterations in genome stability and DNA damage. Oncogene, 25(56), 7336-7342. DOI: 10.1038/sj.onc.1209723  

  • October 12, 2008
  • 05:00 PM
  • 627 views

Was uns Forschung an Pflanzen über Parasiten sagt

by Argent23 in Holliday Junction

Ich bin vor ein paar Tagen über ein Paper gestolpert, eher durch Zufall. Es ist auch schon ein paar Monate alt. Als ich dann aber so da lag und mein Knie rieb (OK, der war flach...), kam mir der Inhalt des Artikels immer interessanter vor. Denn es verbindet tatsächlich auf seinen wenigen Seiten so grundverschiedene Themen wie Pflanzenphysiologie, Parasitologie, Evolution und (Tropen)medizin [1]. Ich denke ich werde den Hintergrund auch mal in der Reihenfolge angehen.Was hat das mit Pflanzenphy........ Read more »

Kisaburo Nagamune, Leslie M. Hicks, Blima Fux, Fabien Brossier, Eduardo N. Chini, & L. David Sibley. (2008) Abscisic acid controls calcium-dependent egress and development in Toxoplasma gondii. Nature, 451(7175), 207-210. DOI: 10.1038/nature06478  

Kevin D. Lafferty. (2006) Can the common brain parasite, Toxoplasma gondii, influence human culture?. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 273(1602), 2749-2755. DOI: 10.1098/rspb.2006.3641  

  • September 28, 2008
  • 06:52 AM
  • 618 views

Zufälle in der Wissenschaft, noch ein Beispiel

by Argent23 in Holliday Junction

Ich lese unheimlich gern alte wissenschaftliche Texte. Wenn ich dann noch als Ausrede habe, dass ich dieses eine Paper als Grundlage eines Teils meiner Arbeit sowieso lesen muss, umso besser! So bin ich auf einen Nature-Artikel von 1965 gestoßen, der mal wieder beweist wie einfachste Grundlagenforschung durch einen Zufall zu wichtigen (angewandten) Ergebnissen führen kann.Die Biopohysiker Barnett Rosenberg, Loretta van Camp und Thomas Krigas von der Michigan State University beschrieben in ein........ Read more »

  • September 5, 2008
  • 02:18 PM
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Von Giraffen und Archen

by Argent23 in Holliday Junction

Es ist ja schon witzig, wie sich manches fast von selbst zusammenfügt. Gerade diskutieren wir noch auf WeiterGen darüber, wie man in einen originalgroßen Nachbau der Arche (und natürlich in die "echte" auch) denn bitte alle Arten paarweise unterbringen soll. Und schon wird der Platz nochmal um einiges enger.Wie ich gerade auf dem Barcode of Life Blog gelesen habe, könnte man nach neuesten DNA-Daten die Giraffe in sechs Arten aufteilen. Von den afrikanischen Giraffen sind schon seit längere........ Read more »

David M Brown, Rick A Brenneman, Klaus-Peter Koepfli, John P Pollinger, Borja Milá, Nicholas J Georgiadis, Edward E Louis, Gregory F Grether, David K Jacobs, & Robert K Wayne. (2007) Extensive population genetic structure in the giraffe. BMC Biology, 5(1), 57. DOI: 10.1186/1741-7007-5-57  

  • September 5, 2008
  • 01:15 PM
  • 600 views

Es ist nicht alles rosarot mit DNA-Barcodes

by Argent23 in Holliday Junction

Weil ich vor kurzem auch schon mal über DNA-Barcoding als Methode zur objektiven Bestimmung der Artenvielfalt [1] will ich kurz auf ein aktuelles Paper in PNAS hinweisen, das den Heiligenschein ein wenig dimmt. Es kann laut dem Team von Hojun Song und Kollegen nämlich vorkommen, dass beim DNA-Barcoding die Anzahl von tatsächlich vorhandenen Arten überschätzt wird!Die relativ neue Methode, die Artenvielfalt durch Vergleich einer universell zu findenden Sequenz zu bestimmen, wird als DNA Barc........ Read more »

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