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Selective sweep
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Alles was lebt
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- May 31, 2009
- 05:41 PM
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Gepanzerte Fische und zerstückelte DNA
by Emanuel Heitlinger in Alles was lebt
Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus (Restriktion Fragment Length Polymorphism; RFLP) ist an sich schon ein schwieriges Wort, mit dem man vielleicht nicht unbedingt einen Artikel anfangen sollte. Wer trotzdem nicht zu sehr abgeschreckt ist, dem möchte ich versuchen zu erklären, wie man diese intelligente und etablierte Technik in Verbindung mit Hochdurchsatzsequenzierung nutzen kann. Zunächst mal ein Bild wie das früher aussah.
RFLP wird also seit den 1980 als "genetischer Marker" fÃ........ Read more »
Baird, N., Etter, P., Atwood, T., Currey, M., Shiver, A., Lewis, Z., Selker, E., Cresko, W., & Johnson, E. (2008) Rapid SNP Discovery and Genetic Mapping Using Sequenced RAD Markers. PLoS ONE, 3(10). DOI: 10.1371/journal.pone.0003376
- April 6, 2009
- 07:29 PM
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Microarrays - mausetot
by Emanuel Heitlinger in Alles was lebt
Es geht oft unter in der Diskussion um die Sequenzierung menschlicher Genome, dass die dafür entwickelte Technologie einen weiteren ebenso bedeutenden "Neben-Nutzen" hat:
Die Analyse von Genexpression.... Read more »
Pedotti, P., 't Hoen, P., Vreugdenhil, E., Schenk, G., Vossen, R., Ariyurek, Y., de Hollander, M., Kuiper, R., van Ommen, G., den Dunnen, J.... (2008) Can subtle changes in gene expression be consistently detected with different microarray platforms?. BMC Genomics, 9(1), 124. DOI: 10.1186/1471-2164-9-124
't Hoen, P., Ariyurek, Y., Thygesen, H., Vreugdenhil, E., Vossen, R., de Menezes, R., Boer, J., van Ommen, G., & den Dunnen, J. (2008) Deep sequencing-based expression analysis shows major advances in robustness, resolution and inter-lab portability over five microarray platforms. Nucleic Acids Research, 36(21). DOI: 10.1093/nar/gkn705
- January 19, 2009
- 06:12 PM
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Protein-Polymorphismus und die neutrale Theorie
by Emanuel Heitlinger in Selective sweep
Wie ich in früheren Posts bereits angedeutet habe, wurde in der Zeit bevor man schnell und günstig DNA sequenzieren konnte hauptsächlich eine auf Verschiedenheiten in Enzymen basierende Methode verwendet um Variabilität innerhalb von Populationen zu untersuchen. Masatoshi Nei und Dan Graur haben zu den so gewonnenen Daten, eine sehr fundierte und gut zu lesende Metaanalyse durchgeführt; sozusagen das letzte Wort zu diesen Daten in der Populationsgenetik...Sogenannte Allo(en)zyme katalysiere........ Read more »
Masatoshi Nei, & Dan Graur. (1984) Extent of protein polymorphism and the neutral mutation theory. Evolutionary biology.
- June 22, 2008
- 12:00 AM
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Vergleichbarkeit von Orthologen bei Primaten und Nagern
by Emanuel Heitlinger in Selective sweep
Soooooo, es ist also endlich Zeit für meinen ersten Post. Meine recht willkürliche Wahl viel auf ein Paper aus dem Bereich der Genomik. Dem Titel meines Blog werde ich wahrscheinlich erst in einigen Monaten gerecht werden und mehr über Populationsgenetik schreiben...Ich habe versucht sämtliche Fachausdrücke (außer "Knockout", das war mir dann doch zu blöd) ins Deutsche zu übersetzen, obwohl ich befürchte, dass dies die Verständlichkeit nicht unbedingt verbessert. Aber urteilt selbst!In........ Read more »
B.-Y. Liao, & J. Zhang. (2008) Null mutations in human and mouse orthologs frequently result in different phenotypes. Proceedings of the National Academy of Sciences, 105(19), 6987-6992. DOI: 10.1073/pnas.0800387105
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