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German blog on ScienceBlogs.de by a biologist. About stem cells, gentech, and other current topics in modern biology.
WeiterGen
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- April 23, 2013
- 05:02 AM
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Big Data in der Biologie – Wie die Integration großer Datensätze zu neuem Wissen führt
Wissenschaftliche Daten zu publizieren ist das Ziel eines jeden akademischen Forschungsprojektes. Leider kommt das nur relativ selten vor. Es dauert eben seine Zeit bis die Experimente geplant und durchgeführt, die Daten analysiert, das Manuskript geschrieben, eingereicht und akzeptiert ist. In so fern ist das, was mir in den letzten drei Wochen wiederfahren ist durchaus Grund zum feiern: Ich habe drei Papers publiziert.... Read more »
- January 29, 2013
- 10:00 AM
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Anonymität in Zeiten kommerzieller DNA-Analysen
by Tobias Maier in WeiterGen
Ich kann mit hoher Wahrscheinlichkeit erraten, wie dein Ur-Ur-Ur Großvater – väterlicherseits – mit Nachnamen hieß: Genauso wie du. Was trivial klingt hat kulturelle Hintergründe. Traditionell nehmen Ehepaare bei der Hochzeit den Nachnamen des Bräutigams an, und die Kinder heißen dann ebenso. Nicht nur der Nachname wird so über Generationen weitergegeben, auch das Y-Chromosom männlicher Nachkommen stammt immer vom Vater, und der hat es von dessen Vater, und so weiter.... Read more »
- September 27, 2012
- 04:04 AM
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Radikalisierte Terrorkommandos – Was verursacht Brustkrebs?
Spätestes seit Cornelius’ Artikel vom Vormonat wissen wir, dass Krebs “der Feind im eigenen Körper [ist], der aus einer irgendwann entarteten [...] Zelle hervorgegangen ist, die sich Schritt für Schritt zu einem mit allen Wassern gewaschenen Terrorkommando [...] verwandelt hat“. Es sind Mutationen, die für Krebs verantwortlich sind. Mutationen, die dazu führen, dass sich Zellen…... Read more »
The Cancer Genome Atlas Network. (2012) Comprehensive molecular portraits of human breast tumors. Nature. DOI: 10.1038/nature11412
- September 22, 2011
- 11:23 AM
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Proteopedia - 3D Strukturbiologie für alle
Wie wirkt Tamiflu gegen Grippe? Wie sieht ein fluoreszierendes Protein eigentlich aus? Die Proteopedia ist die Wikipedia der Strukturbiologen. In einer zentralen Datenbank hinterlegte Proteinstrukturen werden dort aufbereitet und mit Hilfe von 3D-Animationen und ausführlichen Erklärungen zugänglich gemacht. Nicht nur für Wissenschaftler, auch für Lehrende, Studenten und Leser, die sich einfach so für Wissenschaft interessieren geeignet.Die Aufklärung von Proteinstrukturen ist eine formid........ Read more »
Prilusky, J., Hodis, E., Canner, D., Decatur, W., Oberholser, K., Martz, E., Berchanski, A., Harel, M., & Sussman, J. (2011) Proteopedia: A status report on the collaborative, 3D web-encyclopedia of proteins and other biomolecules. Journal of Structural Biology, 175(2), 244-252. DOI: 10.1016/j.jsb.2011.04.011
- August 1, 2011
- 07:31 AM
- 681 views
Alles was Sie schon immer über das Innenleben eines Bakteriums wissen wollten
Ich schreibe nicht nur hin und wieder Artikel bei ScienceBlogs, sondern publiziere auch meine Forschungsergebnisse in Wissenschaftsmagazinen. Hier die Vorstellung meines jüngsten, recht ausführlichen Papers: Quantification of mRNA and protein and integration with protein turnover in a bacterium.Die Art wie molekularbiologische Forschung betrieben wird unterliegt einem ständigen Wandel. Vor allem die Entwicklung neuer Analysemethoden zur Identifizierung und Quantifizierung von RNA und von Prot........ Read more »
Maier, T., Schmidt, A., Güell, M., Kühner, S., Gavin, A., Aebersold, R., & Serrano, L. (2011) Quantification of mRNA and protein and integration with protein turnover in a bacterium. Molecular Systems Biology. DOI: 10.1038/msb.2011.38
- November 1, 2010
- 05:10 AM
- 731 views
1000 Genome sequenziert und immer noch nichts passiert
Acht Millionen neu entdeckte Unterschiede bei der Sequenzierung menschlicher Genome. 60 neue Mutationen von einer Generation zur nächsten. Drei unterschiedliche Sequenzierstrategien. Das 1000-Genomes-Konsortium hat eine Pilotstudie in Nature publiziert. Hier ein Überblick über die Ergebnisse und deren Bedeutung.Das Titelblatt der Zeitschrift Nature von letzter Woche zeigt einen stilisierten Erdball mit bunten Menschen darauf und einer den Äquator umspannenden Banderole: "A thousand genomes" ........ Read more »
Durbin, R., & Altshuler, D. (2010) A map of human genome variation from population-scale sequencing. Nature, 467(7319), 1061-1073. DOI: 10.1038/nature09534
- September 5, 2010
- 06:24 AM
- 945 views
D-Aminosäuren lösen bakterielle Biofilme
Bakterielle Biofilme sind sind oft unerwünscht und verursachen Probleme. Richard Losick hat den natürlichen Mechanismus untersucht, der zur Auflösung von Biofilmen führt. Eine Rolle dabei spielen D-Aminosäuren. Kann dieses Wissen jetzt schon für Anwendungen genutzt werden?
Bakterien sekretieren Polysaccharide und Proteinfibrillen, die dafür sorgen, dass sich Biofilme aus Billionen Bakterien erst bilden. Ob an Schiffsrümpfen, in Kathederschläuchen oder auf Zähnen: Mit Bürsten, harsc........ Read more »
Kolodkin-Gal I, Romero D, Cao S, Clardy J, Kolter R, & Losick R. (2010) D-amino acids trigger biofilm disassembly. Science (New York, N.Y.), 328(5978), 627-9. PMID: 20431016
- August 19, 2010
- 05:10 AM
- 884 views
Proteine am Rande der Faltbarkeit
Was für ein PR-Stunt! Ich erzähle erst drei Blogposts lang was über Proteinfaltung und Chaperone, um dann dem geneigten Leser hier mein jüngstes Paper unterzujubeln. Evolution, kontroverse Forschungsergebnisse, bunte Abbildungen, Publikationsdrama, ein Vorhersagealgorithmus und ein Zitat aus einem Bibelforum. Alles in einem Blogpost.
In zweieinhalb Jahren bei ScienceBlogs habe ich erst ein Mal über meine eigene Forschung im Labor geschrieben. Daher der Disclaimer gleich vorneweg: Ich bin ........ Read more »
Raineri E, Ribeca P, Serrano L, & Maier T. (2010) A more precise characterization of chaperonin substrates. Bioinformatics (Oxford, England), 26(14), 1685-9. PMID: 20519287
- August 6, 2010
- 07:10 AM
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Chaperone und Evolution - Stress bei Fruchtfliegen
Die schlechte Nachricht zuerst: Einige Fruchtfliegen sind wahrscheinlich schon zu Zombies mutiert. Die gute Nachricht: Sie werden es nie merken. Schuld ist das Chaperon Hsp90, das unter normalen Bedingungen dafür sorgt, dass sich Fliegen - trotz Mutationen - normal entwickeln können. Unter Stress sieht das ganz anders aus.
In der aktuellen Ausgabe von Nature ist ein Paper über Foldit erschienen. Foldit ist ein Online-Computerspiel zur Vorhersage der Struktur von fertig gefalteten Proteine........ Read more »
Rutherford, S., & Lindquist, S. (1998) Hsp90 as a capacitor for morphological evolution. Nature, 396(6709), 336-342. DOI: 10.1038/24550
- February 16, 2010
- 04:52 AM
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Proteinkomplexe in Eukaryonten und Prokaryonten: Ein Experiment
Ich trage diese Idee schon eine ganze Weile mit mir herum. In absehbarer Zeit komme ich selbst kaum dazu, direkt daran zu arbeiten, außerdem fehlt mir zum Teil das Know-how. Was liegt näher, als hier im Blog um Hilfe zu bitten?
Es ist ein Experiment. Es geht um ein kleines Forschungsprojekt, dass ich hier vorstellen möchte. Im wahrscheinlichsten Fall (es interessiert keinen) werden nur ein, zwei Blogposts draus, die einen kleinen Einblick in mein Forschungsgebiet geben.
Im bestmöglichen F........ Read more »
Minton, A. (2001) The Influence of Macromolecular Crowding and Macromolecular Confinement on Biochemical Reactions in Physiological Media. Journal of Biological Chemistry, 276(14), 10577-10580. DOI: 10.1074/jbc.R100005200
Beyer, A. (2004) Dynamic simulation of protein complex formation on a genomic scale. Bioinformatics, 21(8), 1610-1616. DOI: 10.1093/bioinformatics/bti223
- November 27, 2009
- 03:23 AM
- 992 views
Ein Modellorganismus für die Systembiologie
Ein Bakterium mit der Minimalausstattung an Genen, die zum eigenständigen Überleben notwendig sind wird zum Modellorganismus für die Systembiologie. Drei Veröffentlichungen in der neuen Ausgabe von Science beschreiben die molekularen Baupläne von Mycoplasma pneumoniae. Komplexe Regulationsmechnismen verhelfen dem Organismus mit nur rund 700 Genen zu einer erstaunlichen Anpassungsfähigkeit.Forschung in der Biologie arbeitet mit Modellorganismen. Seien es Bakterien, Pilze, Pflanzen oder Ti........ Read more »
Guell, M., van Noort, V., Yus, E., Chen, W., Leigh-Bell, J., Michalodimitrakis, K., Yamada, T., Arumugam, M., Doerks, T., Kuhner, S.... (2009) Transcriptome Complexity in a Genome-Reduced Bacterium. Science, 326(5957), 1268-1271. DOI: 10.1126/science.1176951
Yus, E., Maier, T., Michalodimitrakis, K., van Noort, V., Yamada, T., Chen, W., Wodke, J., Guell, M., Martinez, S., Bourgeois, R.... (2009) Impact of Genome Reduction on Bacterial Metabolism and Its Regulation. Science, 326(5957), 1263-1268. DOI: 10.1126/science.1177263
Kuhner, S., van Noort, V., Betts, M., Leo-Macias, A., Batisse, C., Rode, M., Yamada, T., Maier, T., Bader, S., Beltran-Alvarez, P.... (2009) Proteome Organization in a Genome-Reduced Bacterium. Science, 326(5957), 1235-1240. DOI: 10.1126/science.1176343
- November 19, 2009
- 07:06 AM
- 938 views
Adjuvantien in Impfstoffen: notwendiges Übel oder echte Innovation?
Die Diskussionen um das Adjuvans Squalen im pandemischen Influenzaimpfstoff Pandemrix hat die Kommentarspalten in meinem Blog gefüllt. Hier ein Gastbeitrag von Moritz Tobiasch zu den molekularen Grundlagen der Immunantwort, über verschiedene Impfstoff-Arten und der Funktionsweise von Adjuvantien.Moritz Tobiasch studiert Medizin an der TU München und macht derzeit sein Praktisches Jahr am New York-Presbyterian Hospital. Moritz will danach am Klinikum Rechts der Isar promovieren.
Dies ist de........ Read more »
Eisenbarth, S., Colegio, O., O’Connor, W., Sutterwala, F., & Flavell, R. (2008) Crucial role for the Nalp3 inflammasome in the immunostimulatory properties of aluminium adjuvants. Nature, 453(7198), 1122-1126. DOI: 10.1038/nature06939
- June 11, 2009
- 07:18 PM
- 1,553 views
Der Ursprung und die Zukunft der Schweinegrippe
Bisher rund 30 000 Infizierte weltweit und die Pandemie fängt gerade erst an. Die WHO hat die höchste Warnstufe für die Schweinegrippe ausgerufen. In einem aktuellen Paper in Nature wird gezeigt, woher das H1N1 Virus historisch tatsächlich stammt. Gestern hat die WHO die höchste Warnstufe für die Schweinegrippe H1N1 ausgerufen. In Ländern mehrerer Kontinente verursacht die Schweingerippe beständig neue Infektionen. Das Grippevirus scheint zum Glück nicht annähernd so gefährlich zu sei........ Read more »
Smith, G., Vijaykrishna, D., Bahl, J., Lycett, S., Worobey, M., Pybus, O., Ma, S., Cheung, C., Raghwani, J., Bhatt, S.... (2009) Origins and evolutionary genomics of the 2009 swine-origin H1N1 influenza A epidemic. Nature. DOI: 10.1038/nature08182
- March 19, 2009
- 07:41 AM
- 1,741 views
DNA-Sequenzierungsmethoden und Ethische Implikationen
Die Methoden zur DNA-Sequenzierung haben sich in den letzten Jahren rasant entwickelt. Hier ein Überblick über die Aktuellsten, die es bald möglich machen könnten, für unter 1000 Euro ein komplettes menschliches Genom zu sequenzieren. Bei gegebener technischer Machbarkeit stellt sich die Frage: Was passiert, wenn die Daten in die Hände der Krankenkassen geraten?... Read more »
James Clarke, Hai-Chen Wu, Lakmal Jayasinghe, Alpesh Patel, Stuart Reid, & Hagan Bayley. (2009) Continuous base identification for single-molecule nanopore DNA sequencing. Nature Nanotechnology. DOI: 10.1038/nnano.2009.12
- February 20, 2009
- 04:15 AM
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Die Seltsame Krankheit des Benjamin Button
Benjamin Button wird als Greis geboren und im Lauf des Films immer jünger. Es gibt tatsächlich eine Krankheit, die Kinder zu Greisen macht: Progerie. Bei betroffenen Patienten ist eine Mutation im LMNA Gen dafür verantwortlich, dass Struktur und Vorgänge im Zellkern gestört sind. Lohnt sich die Forschung an einer Krankheit, an der weltweit nur 50 Menschen erkrankt sind?... Read more »
Maria Eriksson, W. Ted Brown, Leslie B. Gordon, Michael W. Glynn, Joel Singer, Laura Scott, Michael R. Erdos, Christiane M. Robbins, Tracy Y. Moses, Peter Berglund.... (2003) Recurrent de novo point mutations in lamin A cause Hutchinson–Gilford progeria syndrome. Nature, 423(6937), 293-298. DOI: 10.1038/nature01629
Sofia Rodriguez, Fabio Coppedè, Hanna Sagelius, & Maria Eriksson. (2009) Increased expression of the Hutchinson–Gilford progeria syndrome truncated lamin A transcript during cell aging. European Journal of Human Genetics. DOI: 10.1038/ejhg.2008.270
Paola Scaffidi, Leslie Gordon, & Tom Misteli. (2005) The Cell Nucleus and Aging: Tantalizing Clues and Hopeful Promises. PLoS Biology, 3(11). DOI: 10.1371/journal.pbio.0030395
T. Dechat, K. Pfleghaar, K. Sengupta, T. Shimi, D. K. Shumaker, L. Solimando, & R. D. Goldman. (2008) Nuclear lamins: major factors in the structural organization and function of the nucleus and chromatin. Genes , 22(7), 832-853. DOI: 10.1101/gad.1652708
- February 2, 2009
- 02:14 AM
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Sieben Stunden Schlaf sind nicht genug
Wer weniger als sieben Stunden pro Nacht schläft hat ein dreifach höheres Risiko sich zu erkälten. Da in Deutschland wohl 40 Millionen Menschen zu dieser Risikogruppe gehören, schlage ich vor, die Arbeitszeit für jeden um eine Stunde morgens zu kürzen. Der Arbeitsminister Olaf Scholz wäre weniger begeistert, vielleicht kann die Gesundheitsministerin Ulla Schmidt überzeugt werden.... Read more »
S. Cohen, W. J. Doyle, C. M. Alper, D. Janicki-Deverts, & R. B. Turner. (2009) Sleep Habits and Susceptibility to the Common Cold. Archives of Internal Medicine, 169(1), 62-67. DOI: 10.1001/archinternmed.2008.505
- January 14, 2009
- 05:06 AM
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SPIEGEL-Online versagt: Otto Heinrich Warburg, die Atmung und Krebs
Otto Heinrich Warburg hat 1931 den Nobelpreis für Medizin gewonnen. Er und ein Paper werden in einem aktuellen SPIEGEL-Online Artikel verunglimpft. Hier die Erklärung warum wir atmen und was die Warburg-Hypothese mit der Entstehung von Krebs zu tun hat.... Read more »
M. A. Kiebish, X. Han, H. Cheng, J. H. Chuang, & T. N. Seyfried. (2008) Cardiolipin and electron transport chain abnormalities in mouse brain tumor mitochondria: lipidomic evidence supporting the Warburg theory of cancer. The Journal of Lipid Research, 49(12), 2545-2556. DOI: 10.1194/jlr.M800319-JLR200
- December 23, 2008
- 04:11 AM
- 1,550 views
Was macht das Prion-Protein eigentlich sonst so?
Wenn sich das Prion-Protein nicht gerade falsch faltet und zu Prionen wird, hat es eine Funktion beim Riechen, wie jetzt Versuche mit Mäusen gezeigt haben. Kann dies möglicherweise genutzt werden, um Prionenerkrankungen früh zu diganostizieren? Was ist überhaupt der Unterschied zwischen Prion-Protein und Prionen?... Read more »
Claire E Le Pichon, Matthew T Valley, Magdalini Polymenidou, Alexander T Chesler, Botir T Sagdullaev, Adriano Aguzzi, & Stuart Firestein. (2008) Olfactory behavior and physiology are disrupted in prion protein knockout mice. Nature Neuroscience. DOI: 10.1038/nn.2238
- July 27, 2008
- 10:07 AM
- 1,616 views
Stammzellen: Neuer Meilenstein bei der Reprogrammierung
Forscher aus Münster und Aachen haben es geschafft, Körperzellen mit weniger Eingriffen als bisher bekannt in eine Art embryonalen Zustand zurückversetzen. Die Daten wurden in der aktuellen Ausgabe von Nature publiziert.
Das Stammzelldilemma
Die Forschung an humanen embryonalen Stammzellen ist umstritten. Einerseits werben Wissenschaftler für die Forschung mit dem großen Wissensgewinn über zell- und entwicklungsbiologische Grundlagen und mit potentiell weitrei........ Read more »
Jeong Beom Kim, Holm Zaehres, Guangming Wu, Luca Gentile, Kinarm Ko, Vittorio Sebastiano, Marcos J. Araúzo-Bravo, David Ruau, Dong Wook Han, Martin Zenke.... (2008) Pluripotent stem cells induced from adult neural stem cells by reprogramming with two factors. Nature. http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nature07061
M LEWITZKY, & S YAMANAKA. (2007) Reprogramming somatic cells towards pluripotency by defined factors. Current Opinion in Biotechnology, 18(5), 467-473. http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S095816690700119X
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